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实用生物信息技术期末交流 Mega构建系统发育树实例介绍 —— 细菌16s rRNA基因序列分析 G17 龚志婷 方程 郑维豪 马琳 主要内容 1. Mega及Mega构建系统发育树简介 2. 细菌16s rRNA基因序列分析简介 3. 构建系统发育树所用序列的获得 4. 用Mega构建系统发育树的方法 5. 系统发育树构建后的修饰 6. 总结 1. Mega及Mega构建系统发育树简介 MEGA——Molecular Evolutionary Genetics Analysis 主要功能：系统发育树的构建 辅助功能：序列比对、估算进化距离、氨基酸组成比例差异 分析 系统发育树 细菌16s rRNA基因序列分析简介 16s rRNA： 是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在 于所有细菌的染色体基因组中。 特点：种类少 含量大 分子大小适中 进化缓慢 主要用途及实现路径 菌种鉴定 数据库检索 细菌进化位置确定 聚类分析 系统发育树构建 环境内细菌多样性分析 系统发育分析 3. 构建系统发育树所用序列的获得 1）测序数据获得及校正 2）blast分析查找初步鉴定 3）外群的选择 1 ）测序数据获得及校正 用SeqMan进行序列 拼接，并对两端有差 异的序列进行校正 去除开头和末尾可 靠度低的数据 校正好的序列保存为TXT格式 2 ）blast分析查找初步鉴定 选择相似度最为接近的序列，一般认为相似度高于97%即有可能为同种， 并查看这些序列下载，选择最为可能的2-5条序列一起建树。 3 ）外群的选择 外群的选择在课上已经讲过就不在强调。 如本研究所获得菌株均来自于温泉，故选择了 一个与之相近，又不同的嗜热古菌（Sulfolobus ） 为外群。 将以上校正后的序列，blast获得序列，外群 都存于一个TET文件中，用于MEGA建树。 4. 用Mega构建系统发育树的方法 5. 系统发育树构建后的修饰 首先可以通过来对所建树进行修改，然后点击Image选择以EMF格 式保存文件 99 bacillus licheniformis/AE01733 99 TC124 bacillus sp.3560BRRJ/JF309230. 52 95 TC91 98 Geobacillus pallidus|AB543491. 100