MD基本教程-溶菌酶的水溶液的MD模拟.docVIP

溶菌酶水溶液的简单分子动力学模拟教程 GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的工具[1]。这个软件包遵守GNU协议，因此可以免费从其主页（）上下载。GROMACS可以在linux、unix和Windows上使用。 第一步 建立拓扑结构 教程用鸡蛋清溶菌酶（PD1AK1）作为目标蛋白质。首先需要RCSB（/pdb/home/home.do）网站下载结构文件。通过诸如VMD、Chimera和PyMOL等图形显示软件分析其三维结构。需要去除结晶水。结合在活性位点附近的水分子可以利用简单的文本编辑如vi(Linux)emacs (Linux/Mac)和Notepad (Windows) 删除这些分子所对应的条目PDB文件中的“HOH”残基不要用文字处理软件Word。 要检查pdb文件中的MISSING条目这些条目标注出哪些原子或残基不完全氨基酸残基都会导致pdb2gmx命令失败。这些遗失的原子或残基必须利用其他的软件末端的遗失可能不会对动力学造成影响，。还要注意pdb2gmx并不是万能的，它并不能为所有分子建立拓扑结构，对一些力场中定义好的分子才有效大部分蛋白质，核酸，还有一些辅因子如NADH 、ATP和。简单的文本编辑除去结晶水确保所有必需原子在时PDB文件中只含蛋白质原子，现在可以pdb2gmx命令了。 常用pdb2gmx命令的详细参数： pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1.gro –p conf.top –ignh 此时会提示选择力场： Select the Force Field: From /usr/local/gromacs/share/gromacs/top: 1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003) 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995) 3: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996) 4: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000) 5: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006) 6: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010) 7: AMBERGS force field (Garcia Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002) 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0 9: GROMOS96 43a1 force field 10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals) 11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205) 12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals) 15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges 16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges 17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual) 18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR 力场中包含将写进拓扑文件中的所有信息，所以此选择非常重要，应仔细衡量每个力场且选择与你的模拟情况最相符的力场。在此教程中，我们选择OPLS力场，因此，选择14并回车。 在pdb2gmx还有很多其他操作选择：如 -ignh：在PDB文件中忽略氢原子，尤其核磁