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疾病关联的microRNA预测综述 摘要 microRNA(miRNA)是一类长度约为 22nt(核苷酸)的内源非编码 RNA，在动植物许多重要的生命过程中起着关键的调控作用，并且与肿瘤等多种疾病的发生发展密切相关。生物信息学在 miRNA 的研究中起到了重要作用，极大地推动了该领域的迅速发展。本文首先对miRNA的功能， miRNA与疾病的关系进行了简要的介绍，着重阐述了目前疾病关联的microRNA预测的一些方法，并进行了简要的分析，最后总结了这个领域目前存在的一些问题，为以后的研究和学习奠定基础。 关键字：microRNA,非编码RNA，疾病 Abstract MicroRNAs (miRNAs) are a set of short (about 22 nucleotides) non-coding RNAs that play significant regulatory roles in various biological processes of animals and plants. Furthermore, accumulating evidence indicates miRNAs are associated with various human diseases. The application of bioinformatics in miRNA research greatly promotes the development of this cutting-edge area of current biology. First, we briefly introduce miRNA and its functions. Then we focus on the prediction methods for disease-related miRNA .Finally,, we conclude the challenges exist in this field to lay the foundation for future study. Keywords: microRNA, no coding RNA, disease 引言 RNA(核糖核酸)是在动植物、微生物、病毒中普遍存在的重要分子之一，具有多种重要的生物功能。在生物体内除了有 mRNA、tRNA、rRNA 等编码 RNA 之外，还有许多非编码 RNA，包括 microRNA、siRNA、snoRNA 等。MicroRNA(miRNA，微小 RNA)是近年来新发现的一类非编码 RNA，它过与靶标 mRNA(信使 RNA)的序列互补来对其表达进行调控[1]。通常与 mRNA 的3’不翻译区中特定序列结合，诱导靶标 mRNA 剪切或者抑制其翻译。研究表明 miRNA 参与了细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡、器官形成、造血过程等一系列重要的生命过程，并且miRNA 与肿瘤等多种人类疾病的发生发展密切相关[2,3]. 通过生物实验发现 miRNA 的方法能够准确、可靠的识别 miRNA，然而该方法的效率很低并且花销很大，很难发现只在特定组织中表达或在不同时期表达的miRNA。通过计算机等信息手段预测 miRNA 的方法，则不受 miRNA 表达时间、组织特异性及表达水平的影响，能够为后续生物实验提供可靠的miRNA候选[4,5]。识别与疾病关联的miRNA的生物实验方法主要有微阵列基因表达数据分析和qRT-PCR 实验。其中，微阵列方法是一种高通量技术，能够检测 miRNA 在疾病样本和正常样本中的差异表达。然而 miRNA 短序列不同的溶解温度和 miRNA 家族中多个 miRNA 序列间的高度一致性，常常导致微阵列结果的假阳性；同时，探针的设计也较大的增加了该技术的成本[6-8]。计算预测 miRNA 与特定疾病的关联，可以弥补实验方法的不足，能够系统的预测与人类疾病关联的 miRNA 候选[9-12]。越来越多的研究表明，一个复杂疾病通常经由多个 miRNA 协同调控，一个 miRNA 则通常参与多个疾病的发生发展过程，因此 miRNA 与疾病之间的关系错综复杂。针对现有实验数据，使用计算机技术系统预测可能与特定疾病关联的 miRNA，能够为生物实验提供可靠的 miRNA 候选，从而提高疾病关联 miRNA 识别的成功率，推动人类疾病治疗和基因制药的发展。本文主要对疾病关联miRNA预测领域的一些预测方法进行了回顾，分析，总结了目前方法存在的不足，为疾病关联的miRNA预测的学习和研究提供一些参考。 miRNA和miRNA功能 microRNA (miRNA) 是一类长度为~22nt 的内源性非编码 RNA ，它通过序列互补配对的方式对靶