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群体遗传学研究中的的数据处理方法I.RAPD数据的AMOVA分析

维普资讯 生物 多样性 2002,10(4):438~444 Biodiversity Science ● 群体遗传学研究中的数据处理方法 I RAPD数据的AMOVA分析 张富民 葛 颂 (中国科学 院植物研 究所系统与进化植物学重点实验室 , 北京 100093) 摘要 :近年来 ,RAPD数据和 AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而 ,由于 RAPD标记具 显性特点,加上 目前进行 AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善 ,使得对 RAPD数据进行 AMOVA分析时 存在许多不足 。本文介绍 了AMOVA分析的基本过程 ,同时引入一个新 的程序 DCFA用 以替代 RAPDistance,并详 述 了将 DCFA与 WINAMOVA联用 ,对 RAPD数据进行 AMOVA分析 的具体步骤与注意事项 。最后 ,以产 自中国和 巴西 8个普通野生稻 (Oryzarufipogon)天然群体为例 ,演示 了对 RAPD表型数据进行 AMOVA分析 的过程 ,讨论 了 AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析,同时比较4种距离系数所得 AMOVA结 果 ,我们认为在进行 AMOVA分析时选择 NEI—LI距离和欧氏距离平方较为合适 ,而 目前 国内使用较多的JACCARD 系数不适合 AMOVA分析。 关键词 :群体遗传结构 ,RAPDistance,DCFA,进化距离 中图分类号:Q347 文献标识码 :A 文章编号:1005—0094(2002)04—0438—07 Dataanalysisinpopulationgenetics.I.analysisofRAPD datawithAM O- ZHANG Fu—Min,GE Song LaboratoryofSystematicandEvolutionaryBotany,Instituteof Botany,ChineseAcademyof Sciences, Beijing100093 Abstract:RandomAmplifiedPolymorphicDNA (RAPD)datahavebeenincreasinglyusedinstudieson populationandconservationgenetics.Analysisofmolecularvariance (AM0VA)hasbecomeoneofthe importantmethodsutilized inanalysisofpopulationgeneticstructure.Currently,W INAMOVA isthemost popularsoftwarethatisusedofrAMOVA analysis,andoftenurnstogetherwithRAPDistance a software . tocalculate genetic distances.However.cautionsshould be taken when AMOVA analysis iS used to processtheRAPDdatabecauseofthedominantcharacteristicofRAPD markerandthelimitationofRAP— Distance.In thispaper,webriefly intro

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