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群体遗传学研究中的的数据处理方法I.RAPD数据的AMOVA分析
维普资讯
生物 多样性 2002,10(4):438~444
Biodiversity Science
●
群体遗传学研究中的数据处理方法 I
RAPD数据的AMOVA分析
张富民 葛 颂
(中国科学 院植物研 究所系统与进化植物学重点实验室 , 北京 100093)
摘要 :近年来 ,RAPD数据和 AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而 ,由于 RAPD标记具
显性特点,加上 目前进行 AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善 ,使得对 RAPD数据进行 AMOVA分析时
存在许多不足 。本文介绍 了AMOVA分析的基本过程 ,同时引入一个新 的程序 DCFA用 以替代 RAPDistance,并详
述 了将 DCFA与 WINAMOVA联用 ,对 RAPD数据进行 AMOVA分析 的具体步骤与注意事项 。最后 ,以产 自中国和
巴西 8个普通野生稻 (Oryzarufipogon)天然群体为例 ,演示 了对 RAPD表型数据进行 AMOVA分析 的过程 ,讨论 了
AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析,同时比较4种距离系数所得 AMOVA结
果 ,我们认为在进行 AMOVA分析时选择 NEI—LI距离和欧氏距离平方较为合适 ,而 目前 国内使用较多的JACCARD
系数不适合 AMOVA分析。
关键词 :群体遗传结构 ,RAPDistance,DCFA,进化距离
中图分类号:Q347 文献标识码 :A 文章编号:1005—0094(2002)04—0438—07
Dataanalysisinpopulationgenetics.I.analysisofRAPD datawithAM O-
ZHANG Fu—Min,GE Song
LaboratoryofSystematicandEvolutionaryBotany,Instituteof Botany,ChineseAcademyof Sciences,
Beijing100093
Abstract:RandomAmplifiedPolymorphicDNA (RAPD)datahavebeenincreasinglyusedinstudieson
populationandconservationgenetics.Analysisofmolecularvariance (AM0VA)hasbecomeoneofthe
importantmethodsutilized inanalysisofpopulationgeneticstructure.Currently,W INAMOVA isthemost
popularsoftwarethatisusedofrAMOVA analysis,andoftenurnstogetherwithRAPDistance a software
.
tocalculate genetic distances.However.cautionsshould be taken when AMOVA analysis iS used to
processtheRAPDdatabecauseofthedominantcharacteristicofRAPD markerandthelimitationofRAP—
Distance.In thispaper,webriefly intro
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