棉花下铃重相关QTL的定位分析.docVIP

棉花下铃重相关QTL的定位分析 1、相关定义 1.1、QTL 的定义 从上世纪 70 年代开始,研究者们陆续发现了对某一数量性状具有明显效应 的基因是主效基因,也称为主基因。在 1975 年 Geldermann 就提出了数量性状 基因座(quantitativetraitloci,QTL),QTL 是指位于染色体上的对数量性状产生 影响的单一基因或染色体片段。具体来说说,QTL 是所有影响数量性状的基因 座位,且不论效应大小,但人们习惯将那些可以检测的、并且具有较大效应的基 因或是染色体片段叫做 QTL,却忽视了那些无法被检测的基因,仍把它们以微 效多基因而视。而当一个 QTL 恰巧只是单个基因时,就把它视为主效基因。 1.2、抗旱性的定义 旱条件下所具有的适应性,并能够忍受外界环境水分的短缺。之 前的学者对抗旱性做出了很多种的定义。Levitt[1]等把抗旱性定义为在水分供应量较低的情况 下,植物仍然能够存活的能力。Tumer[2]认为作物的抗旱性是在承受阶段性的水分亏缺之后, 植物依然可以正常生长发育并结实的能力。Turner[3]在 1997 年又进一步丰富了抗旱性的概念, 即在缺水的条件下,作物又能收获足够的产量。其中将植物适应干旱的机理分为 4 类,即逃 旱性、避旱性、耐旱性和复原抗旱性[4]。 1.3、遗传标记的概念 遗传标记根据其发展过程可分为形态学、细胞学、生化、免疫学和分子等 5 类标记,发展初期人们主要运用形态特征作为遗传标记,如角、毛色、耳型、毛 髯、副乳头、肉疵、隐睾等。形态学标记具有简单直观,但多态性差,数量少的 特点,这会对重要的经济性状的改良不利。直到到 20 世纪 30 年代,才开始出现 了包括染色数目、核型、分带带型以及减数分裂行为的细胞学分析。但由于这些 遗传标记也有其不足之处,一方面会受到它们遗传背景的影响,还会受生理因素 和人为因素的干扰。另一方面,其中某些遗传标记的变异程度较低,或者标记技 术本身还有缺陷,导致它们的发展和应用不理想[9]. DNA 分子标记标记技术的研究从 19 世纪 80 年代开始,其是指能够体现生 物个体或种群间的基因组中某种差异的特异性 DNA 片段,是 DNA 水平上遗传 多态性的直接体现,DNA 分子标记中大多数是以电泳谱带表现个体之间的 DNA 差异[10],是生物分类学、遗传学、育种学,以及物种的起源与进化等研究的关键 技术指标之一。DNA 分子标记具有如下优点:(1)具有可体现较强的多态性;(2)研 究可直接以 DNA 为表现形式;(3)许多 DNA 分子标记呈共显性;(4)数量的丰富 性;(5)经济且方便观察记录;(6)表现为”中性”[11]。 1.4、标记位点连锁不平衡的定义与度量 连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD),又称为等位基因关联,是指在 同一条染色体上不同位点等位基因间的非随机关联,也就是说,位于同一条染 色体上两个等位基因(如 A,B)同时存在的概率,远大于在群体中因随机分布 而同时出现的概率,称这样的两个位点处于 LD 状态。连锁不平衡这一现象的 出现是由于基因的突变或重组形成的,理论上而言,LD 强度与两个 SNP 间的 - 14 - 哈尔滨工业大学工学硕士学位论文 距离有关,距离越小发生重组的机会就越小,LD 强度就越强,反之则 LD 强度 比较弱。QTL 定位研究正是利用标记与 QTL 之间的 LD 关系在遗传标记周围定 位可能潜在的 QTL。 LD 度量的是位点间单倍型频率的实际观测值和期望值之间的差异,假设染 色体上有两个 SNP 位点 A,B(存在连锁关系,其等位基因分别为 A、a 和 B、b, 4 个等位基因的频率分别为 A、 B、 a、 b, 4 种单倍型 AB、aB、ab 和 Ab 的频率分别为 AB、 aB、 ab和 Ab,多种不同的统计方法被用来计算两个 等位基因位点间的连锁不平衡水平,即 LD 值得情况,但最常用的是r 2和 D′, 其计算公式分别为: r2 Dab 2 1) A B a (2-b D Dab 2 min , f or Dab 0 ; A b a B (2-2) D Dab 2 min , f or Dab 0 ; A B a b 其中D 是一个与频率没有关系的量,r 2则是与频率相关的量,两者的取值 范围是 0~1,包括 0 和 1,不同取值的含义分别为: =1,两位点之间完全 LD,即两个位点完全连锁不平衡,两位点间没 有重组事发生,两位点组成的单倍型最多出现其中的三种; =0,两位点之间无 LD,即连锁平衡,两位点组成的四种单倍型等概 率出现; 0.33,被认为是强 LD 的。 图 2-4 中的三个图展示了三种特殊情况下的 LD 强度和 SN