毛白杨木质部特意启动子结构与功能研究_0.docVIP

毛白杨木质部特意启动子结构与功能研究 1、相关定义 1.1、启动子的概念、结构及分类 启动子的概念 启动子是位于结构基因 5端上游区的一段 DNA 序列,能活化 RNA 聚合酶,使之 与模板 DNA 准确地结合,确保转录精确而有效地起始,它的序列因生物种类而异。启 动子作为基因表达调控的一种重要的顺式元件。它具有如下特征:序列特异性,在启动 子的 DNA 序列中,通常含有几个保守的序列框,序列框中碱基的变化会导致转录启动 的滞后和转录速度的减慢;方向性,启动子是一种有方向性的顺式调控元件,在正反两 种方向中只有一种具有启动功能;位置特性,启动子只能位于所启动转录基因的上游或 基因内的前端;种属特异性,原核生物的不同种和属,真核生物的不同组织都具有不同 类型的启动子。但一般来说,亲缘关系越近的两种生物,启动子通用的可能性也越大[27] 。 4 从功能方面分,基因的启动子区基本上由两部分组成:一部分是形成普遍性转录结 构所需要的,通常称为核心启动子区,另一部分是决定基因转录特异性和活性的区域。 两部分都参与基因转录的调控,但后一部分起主要的控制作用。基因的启动子中含有一 系列特异的蛋白质结合位点,通常称这些位点为顺式作用元件,与启动子顺式作用元件 相结合的蛋白质通常被称为反式作用因子,DNA 上的顺式元件与反式作用因子等多种 因素通过相互作用来调控基因的转录,即转录的组合控制[28-30]。 启动子的结构 (1)转录起始位点 转录起始位点是真核生物 RNA 聚合酶识别模板链和转录起始的结合位点,如果 转录起始位点发生变化或缺失就会影响转录。植物启动子利用其 ATG 作为起始密码子, ATG 的旁侧保守序列为 5 TAAACAATGGCT 3’。旁侧序列及其与 TATA-box 的距离可能 在光、不同发育阶段、微生物引起的抗病性反应中等条件下受不同因子的诱导和调节 [31,32]。转录起始位点的前导序列富含 A+T,长度在 9~193 bp 之间。对水稻的 ZB8 基因 研究表明,碱基长度的改变不影响转录的精确起始而是影响到转录的速率,同时-1~+1 的转换对于转录的精确起始是非常关键的[30]。高等植物的转录起始位点具有帽子结构。 帽是加在 mRNA 分子的 5端,大多数真核类 mRNA 的第一个核苷酸是腺嘌呤核苷酸, 帽就加在其上。真核生物转录的起始位点不但要具有帽子结构的专一性,而且大多数情 况下只有嘌呤残基(以腺嘌呤为主)才能起始转录[33]。 (2)TATA-box 与其他真核生物一样,植物的启动子区域最具特征的就是位于转录起始位点约-3~ -40 核苷酸处的 TATA-box 序列,它是 RNA 聚合酶 II 识别的位点,也是一些反式作用因 子与 DNA 相互作用的位点之一,它的缺失将降低启动子活性和导致多个转录起始位点 的产生[33]。TATA-box 与转录起始点之间的碱基长度是转录精确起始的必需因素,不同 基因的 TATA-box 序列并不完全相同,某些基因甚至缺少 TATA-box 或具有两个以上的 TATA-box。植物启动子保守序列为 5 TCACTATATATAG 3’,核心序列为 TA[T/A]A[T/A], 其序列的变化反映出其可受到不同调节因子的作用。TATA-box 是绝大多数植物启动子 正确表达所必需的,在没有 TATA-box 的基因表达过程中可能存在着某些替代机制, TATA-box 侧翼序列同时控制组织特异性和发育阶段特异性的表达[30]。 近年来的研究表明,TATA-box 是没有方向性的,上游激活因子序列具有双重作用, 既能通过 RNA 聚合酶增强下游的转录,又能抑制 RNA 聚合酶和其指导的上游方向的 转录[34]。在真核生物中 TATA-box 的方向并不决定转录的方向,TATA-box 的功能依赖 于它所在的位置相对于起始位点的位置,碱基置换会使最小启动子失活[35]。因此, TATA-box 是依赖于 RNA 聚合酶转录所必需的,能指导起始的前复合物的形成,决定转 录起始位点,并调控上游激活蛋白的行为。 (3)CAAT-box 5 在 TATA-box 的上游大约 50 bp 处的一段 5 CCAAT 3’基序,称为 CAAT-box,其转 录激活因子主要是 NF1、CTF1、CTF2、CTF3 等多种蛋白。从拟南芥中克隆的 NF-Y 新 成员中大多数具有单一的组织特异性,但 AtNF-YC9 却呈现组成性表达的特性[36]。 CAAT-box 对基因转录有较强的激活作用,可从激活两个方向,且作用距离不定,但有 些基因无此框,如:禾谷类植物的贮藏蛋白基因中无 CAAT-box 而被 CATC-box 所代替 。 (4)GC-box GC-box 经常在转录起始位点上游-90