肠道菌群研究新进展与水产养殖应用.pdf

第四届中国水产饲料高级配方师培训班 肠道菌群研究新进展与水产养殖应用 周志刚 中国农业科学院水产动物饲料创新团队 一、几个基础知识； 二、鱼类肠道菌群与饲料表现； 三、总结。 1、鱼类消化道不同部位黏附菌群结构比较 e.g. 网箱养殖青石斑鱼 A、B、C：不同个体； 1：胃； 2、幽门垂； 3、前肠； 4、中肠； 5、后肠 小结：(1) 消化道不同部位黏附菌结构存在明显差异； (2) 个体差异远大于部位差异。 2、个体差异 e.g. 罗非鱼肠道黏附菌群：对照组vs精油组（多样性测序） 对照组 植物精油组 对照组 （肠道黏附菌群） 植物精油组 （肠道黏附菌群） 小结：肠道黏附菌群存在明显个体差异，组间差异被掩盖。 内容物菌群： 对照组 植物精油组 小结：肠道内容物菌群也存在明显个体差异，组间差异被掩盖。 肠道菌群计数： Copies/g wet weight C.V. 14a 对照组/内容物菌群 (2.64±0.58)×10 21.97 13b 植物精油组/内容物菌群 (1.80±0.30)×10 16.67 12c 对照组/肠道黏附菌群 (2.91±0.30)×10 10.31 12c 植物精油组/肠道黏附菌群 (1.70±0.61)×10 35.88 小结：肠道菌群计数变异系数10%，但组间差异存在。 3、临界点判定：菌群结构相似度 60% 80% 90% 无明显改变 基本一致 极显著改变 明显改变 (1) 混合样分析：混合原则，等湿重？等干重？等DNA？等RNA？ (2) 按个体分析：按菌群结构取平均值？按菌数及菌群结构取加权平均？ 4、 池塘底泥样品 肠道内容物样品