基因逻辑网络研究进展-生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2008, 35(11): 1239~ 1246 因逻辑网络研究进展 1) 1) 1) 2)* 青芸 易 慧 刘来福 孟大志 (1) 京师范大学数学科学学院，北京 100875; 2)北京工业大学应用数理学院，北京100022) 摘要 海量生物数据的涌现，使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径 特别是对于基因 的复杂的功能系统，建立基因网络这种理论方法的意义更为突出 Bowers 在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系， 从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析(LAPP) 的系统方法 LAPP 和通常建立模型的方法不同，它给出了一 从复杂网络的 元素(或部件) 的表达数据出发，通过逻辑分析，找到元素之间逻辑关联性的建模方法 这种方法能够从蛋白质表达谱数据出 发，利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用，对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义 由于涉及 功能的基因组通常是一 大的群体构成的系统，因此LAPP 方法也是一 生成复杂的基因逻辑网络的方法 基因逻辑网络的 建立，方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的 这种方法可以应用在很多方面，如物种进化、肿瘤诊疗等等 系统阐述 并分析了LAPP 方法，并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述 关键词 系统发生谱的逻辑分析(LAPP)，逻辑相关性，复杂网络，基因网络 学科分类号 TP 18 随着基因芯片等高通量数据采集技术的发展， 在生物学中，经常利用大规模网络来研究复杂 大量生物数据涌现，为系统地从基因水平研究生物 的生物学现象 随着研究的不断深入，研究者已经 学提供了丰富的素材，也发展出许多有效的数据分 不满足于揭示元素(蛋白质、基因)之间简单的相关 析方法，例如，在肿瘤研究中对蛋白质的系统发生 性，还希望知道两 (或多 )元素之间具有 “怎 谱数据分析的各种方法[1～3] 但是生物学的研究仍 样”的相关性，或者说元素之间 “怎样”通过相互 然明显地面对这样的局面：一方面海量的实 数据 影响而联系在一起 LAPP 方法可以揭示这些元素 在日益增长，另一方面却只有少量的蛋白质(或基 之间更深入的关系，即逻辑关系，而Bowers 给出 因)功能机理为人类所知，导致为功能基因组建立 的方法能够批量地发现这类逻辑关系 这种方法可 机理模型变得困难 这意味着传统的依赖生物实 以帮助生物医学研究者了解一些未知蛋白或基因之 的方法已经难以高效率地揭示复杂的生物现象和规 [5] 间的可能的逻辑功能 ，从而通过实 发现它们之 [4] 律 2004 年Bowers 等 系统地建立了对蛋白质系 间新的生物学机理 更有意义的是，用LAPP 方法 统发生谱数据的逻辑分析方法(logic analysis of 揭示复杂网络中元素(部件)之间的因果关系或制约 phylogenetic profiles，LAPP)，正在改变这样的局 关系之后，启发人们对网络的调控发展出更多更有 面 由于对一 复杂系统来说，清楚地了解所有元 效的方法 在研究和揭示生物学现象的复杂性和规 素(或部件)之间的关系是十分困难的(例如基因之间 律性中，这种系统的方法显然有相当的价值 作用机理)，直接进行机理性建模并不是普遍可行 的 在Bowers 的文章中给出的LAPP 与通常的机 理建模方法不同，它是一种从元素的表达数据出 发，通过一系列有效的逻辑分析，发现元素之间逻 * 通讯联系人. 辑关联性的方法 这就使得通过数据分析建立逻辑 Tel: 0 10 E-mail: dzhmeng07@ 收稿日期：2008-03-