Lammps及程序.pptx

Lammps程序关于lammps基础知识lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1) Initialization在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify。其中，units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统；dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3d；boundary: 边界条件：周期性边界or自由边界；atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type；还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style. 在LJ类型中，所有变量都是无单位的，实际量换算成简化单位量有系列公式缺省状态默认为LJ类型（2）Atom definitionlammps提供3种方式定义原子:① 通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息. ② 按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms. ③ 已经设置好的原子可以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系.(3)Settings原子和分子的拓扑信息定义好后, 你要制定一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等等. ①力场系数可以通过这些命令定义: pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds. 注意, 其实力场系数也可以在data文件中制定； ②各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep, run_style, min_style, min_modify.Suppliment fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等;fix指令的用途是对一组原子进行定义，可以用于更新原子的位置、速度、控制温度、加常力、施加边界条件等。当两个或更多fix在同一过程中作用时，根据程序中的先后顺序执行fix指令。Fix指令可通过unfix指令来消除，形式为unfix fix-ID)模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable.输出选项由thermo, dump, restart命令设置.fix ID group?ID style args· ID = user?assigned name for the fix ID是用户自己定义的名字，便于通过fix定义· group?ID = ID of the group of atoms to apply the fix to· style = one of a long list of possible style names (see below)· args = arguments used by a particular styleExamples:fix 1 all nvefix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.01fix mine top setforce 0.0 NULL 0.0对于run 100 start 0 stop 1000 这个语句来说，主要与fix语句配合使用。fix 1 all nvt 200.0 300.0 1.0 这两个指令的功能是在接下来的1000步运行中，每run 100步，温度都要从200度升到300度fix 1 all nvt 200.0 300.0 1.0 对于左侧的一组指令，温度随着从0到10000步的执行run 1000 start 0 stop 10000 逐渐升至300.0度，是一个发生在整个过程的渐变行为run 1000 start 0 stop 10000...run 1000 start 0 s