蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库.pdfVIP

第8卷第3期 生物信息学 VoL8 No．3 201 0年9月 ChinaJoumalofBioinformatics Sep．，2010 蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库 李晓琴。，仁文科，刘岳，徐海松，乔辉 (北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100124) 摘要：蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题，折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。目前的蛋白质折叠类型分类基本 上靠专家完成，不同的库分类并不相同，迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库。’本文以ASTRAL— 1．65数据库中序列同源性在25％以下、分辨率小于2．5A的蛋白为基础，通过对蛋白质空间结构的观察及折叠类型特征的分 析，提出以蛋白质折叠核心为中心、以蛋白质结构拓扑不变性为原则、以蛋白质折叠核心的规则结构片段组成、连接和空间排 布为依据的蛋白质折叠类型分类方法，建立了低相似度蛋白质折叠分类数据库一一LIFCA，包含259种蛋白质折叠类型。数 据库的建立，将为进一步的蛋白质折叠建模及数据挖掘、蛋白质折叠识别、蛋白质折叠结构进化研究奠定基础。 关键词：蛋白质折叠；折叠类型分类；数据库；折叠核心；低相似度 中图分类号：Q51 文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2010)一03—245—04 ProteinfoId methodsandclassificationdatabase2 typeclassify LI Wen—ke，LIUYue，XU Hui Xiao—qin+，BEN Hai—song，QIAO (＆咖增UniversityofTechnology，Beijing100021，China) researchon isinthefrontieroflife classificationisthefoundationof Abstract：The proteinfolding science，fold proteinfoldingstudy foldclassificationon databasehavedifferentclassification itis for protein rely experts，different standards，80veryimportant Nowadays UStobuilda dambaseunderthesamecriteria．thisbasedondatabase to ho- sequence proteinfolding paper ASTRAL一1．65，according of we below25％．resolutionbelow2．5Aandthethreedimensionalstructure andfold characteristics mology protein type analysisput forwardfl fold classificationmethodwhichbasedon fold the structure proteincore，under invariant，which proteintype