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基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法.pdf
第4l卷第1期 东南大学学报(自然科学版) V01．4lNo．1
201
1年1月 JOURNALOFSOUTHEAST Science Jan．2011
UNIVERSITY(NaturalEdition)
doi：10．3969／j．issn．1001—0505．2011．01．013
基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法
卢志远 谢建明 孙 啸
(东南大学生物电子学国家重点实验室，南京210096)
摘要：提出了一种新的测序短片段定位算法Umap，算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思
想，通过短片段间的重叠信息定位短片段．首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段，
称为唯一短片段．然后以唯一短片段为基础，利用短片段间的重叠信息，使用贪婪算法对唯一短
片段进行扩展，进而确定其他非唯一短片段的准确位置．实验表明。该算法对短片段的定位比现
有短片段定位算法更加准确，能够定位的短片段数目更多，匹配的短片段比率达到7l％．通过利
用客观存在于短片段闾的重叠信息，可以更加准确地在参考基因组上对短片段在参考基因组上
进行定位，减少模糊匹配．
关键词：短片段；唯一子串；唯一短片段；片段重叠信息
中图分类号：TP311．5l文献标志码：B
Maximumuseofreads informationforshortreads
overlap mapping
Lu Xie SunXiao
ZhiyuanJianming
of
(StateKeyLaboratoryBioelectronics。SoutheastUniversity．Nanjing210096．China)
Abstract：Anewshortleads is here．Shortreadsare tO
mappingalgorithmUmappresented mapped
thereference themain of extensionbasedonreads information．
genomeusing thoughtconfig overlap
The readswhichmatch one inthereference alefoundat
unique only position genorne fu-st．Then，
these readsare
extended the inthe
unique bygreedyalgorithm，andfinallyan—uniquereads’position
referencearefound．The showthat Can shortreadsmore
genome experimentsUmapmap accurately．
Andt0 canbe tO
7l％shortreads thereference ofthe
up mapped genome．Takingadvantagesoverlap
readsbe
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