剖析分子遗传图谱构建.pptVIP

一个完整的遗传图谱，必须知道染色体上的标记与着丝粒之间的距离。一个完整的染色体具有以下几个主要部分：着丝粒、缢痕、随体及端粒 。 在经典遗传图谱的构建中，一般采用近端着丝粒染色体来对基因与着丝之间的距离进行定位。染色体上的端粒是指染色体的自然末端。近端着丝粒染色体是正常染色体在着丝粒附近断裂形成的异常染色体。 在遗传图谱的构建中，端粒位置的确定就意味着为染色体的全长设定界标。传统的凝胶电泳方法由于分辨能力有限，大多数情况下无法将具有多态性的端粒片段区分开来。一般要借助具有高分辨率的脉冲场凝胶电泳（PFGE）才能将有差异的端粒片段分离开来。 二、饱和DNA标记连锁图的制作 遗传图谱饱和度是指单位长度染色体上已定位的标记数或标记在染色体上的密度。一个基本的染色体连锁框架图大概要求在染色体上的标记平均间隔不大于20cM。 研究了所需标记数与图谱饱和度之间的关系，发现影响所需标记数的主要因素有两个： 一个是标记间的平均距离，即图谱总长度除以定位的标记数，它反映了标记图谱的平均密度。 另一个因素是标记间的最大距离。 通过提高图谱平均密度的方法来缩小最大标记间距是很困难的。在实际研究中，为了填补间隙，应有针对性地在间隙区上寻找标记，或寻找该间隙所在区域上有差异的亲本构建作图群体，利用特性上互补的不同DNA标记进行遗传作图，将有助于提高遗传图谱的饱和度。 三、DNA标记连锁图与经典遗传连锁图的整合 为了充分利用现有的分子和遗传的信息，必须将分子遗传图谱与经典遗传图谱结合起来，成为一张综合的遗传图谱。将两类遗传标记综合到一张遗传图谱中去，不仅是重要经济性状准确定位的需要，也是以图位克隆方法分离目的基因的需要。 分子图谱与经典图谱的整合只能通过将传统的遗传标记基因一个一个地定位到分子图谱中去的策略来进行。为此，可以选择各种传统的遗传标记材料来建立作图群体，并用适当的方法快速地找到与传统的遗传标记紧密连锁的分子标记，再根据分子标记在分子图谱上的位置来确定传统遗传标记的位置。 第五节 比较作图 比较作图（Comparative Mapping）就是利用一种物种的DNA标记对另一物种进行遗传或物理作图。比较作图的分子基础就是物种间DNA序列尤其是编码序列的保守性。 通过比较作图可揭示不同物种基因组或基因组区域同线性或共线性的存在，从而了解不同物种基因组结构的相似性及基因组进化的历程。 同线性是指定位在一个物种的染色体上的两个或多个标记又被定位于另一物种的同源染色体区域上，但这些标记间的相对排列顺序可变化。 共线性则指定位在同源染色体区域上的标记，其标记间的相对排列顺序是保守的。 比较作图始于人-鼠间的基因组同源性比较。至今许多植物之间也进行了比较作图研究， 如番茄、马铃薯和辣椒(Tanksley et al. 1988；1992)； 水稻、小麦和玉米(Ahn et al. 1993；1994)； 小麦、大麦和黑麦(Devos et al. 1993)； 高粱和玉米(Pereira et al. 1994)； 拟南芥和芸苔属(Kowalski et al. 1994) 大麦和水稻(Maroof et al. 1996)等。 Moor等(1995)对水稻、小麦、玉米、谷子、甘蔗及高粱等6种主要禾本科物种的比较作图研究表明，这些禾本科植物基因组的保守性可归结到水稻基因组的19个连锁区段上，由这19个区段可实现对所研究的全部禾谷类作物进行染色体的重建，并可构成一个禾谷类作物祖先种的染色体骨架。可见，比较作图研究已使得传统的植物遗传学突破了物种的框架限制，发展成了新的统一遗传学。 通过比较作图的研究： 可显著增加各种物种中可供利用的遗传标记的数量，这对遗传研究较为滞后的物种来说显得十分重要。 根据已定位在某个物种中的新基因，在其它近缘物种的染色体同源区域定位相同的基因，这将大大提高基因定位的效率。 随着某些物种的基因组全序列的测序完成，比较作图研究也将随之进入一个新的时代，即可直接在核苷酸序列水平上对不同物种的基因组进行比较分析，从而对生物的遗传本质达到更深刻的了解。 第三章 分子图谱的构建 分子图谱构建的步骤： 选择适合作图的DNA标记； 根据遗传材料之间的DNA多态性，选择用于建立作图群体的亲本组合； 建立具有大量DNA标记处于分离状态的分离群体或衍生系； 测定作图群体中不同个体或株系的标记基因型； 对标记基因型数据进行连锁分析，构建标记连锁图。 第一节 作图群体的建立 要构建DNA标记连锁图谱，必须建立作图群体。建立作图群体需要考虑的重要因素包括亲本的选配、分离群体类型的选择及群体大小的确定等。 一、亲本的选配 首先要考虑亲本间的DNA多态性。 选择亲本时应尽量选用纯度高的材料，并进一步通