基于新测序技术的比对及组装算法.pdfVIP

第35卷 20期 计算机工程 2009年10月 VoL35 October2009 No．20 ComputerEngineering ·博士论文· 文章编号。loo忙3428(2009J20__0004．_03文献标识码l A 中围分类号tTP301．6 基于新测序技术的比对与组装算法 牛北方L2，张西广“，刘涛3，郎显宇1，陆虑华1，迟学斌1 (I．中国科学院计算机嘲络信息中心超级计算中心，北京100190；2．中国科学院研究生院，北京100039； 3．中国科学院北京基冈组研究所，北京100029；4．中原工学院计算机学院，郑州450007) novo)组装的方法 用对参考序列进行hash的方法，将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列，对不能定位的read采取从头(De 进行组装。测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度，以及良好的应用前景。 关健词：序列比对；组装；新测序技术 and Algorithm AlignmentAssembly BasedonNew Technique Sequencing NIU Xue-binl Bei．fan912，ZHANG Ta03，LANGXian—yul，LUZhong．hual，CHI Xi．guan92·4，LIU ofSciences，Beijing100190； 2．Graduate of Genomics of Chinese of Institute，ChineseSciences， University AcademySciences，Beijing100039；3．Beijing Academy 100029；4．SchoolScience，ZhongyuanUniversityofTechnology，Zhengzhou450007) Beijing ofComputer fromthenewultra atthe and ofreads [Abstract|Aimingalignmentassemblyproblem high·throughputsequencer--Solexasequencing new ShortRead short and is USeShash instrument，a alignmentassemblyproposed，which algorithm MappingAlgorithm(SRMA)forsequence forreference and locatesreadsonrefere