产epa海洋细菌shewanellabaltica6r42全基因组测序及比较基因组分析.pdfVIP

中国油料作物学报 ２０１７，３９（３）：４０４－４１３ ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＯｉｌＣｒｏｐＳｃｉｅｎｃｅｓ ｄｏｉ：１０．７５０５／ｊ．ｉｓｓｎ．１００７－９０８４．２０１７．０３．０１７ 产 ＥＰＡ海洋细菌Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｂａｌｔｉｃａ６－４２ 全基因组测序及比较基因组分析 １ １ １ ４ １，２，３ 肖　康 ，彭云峰 ，罗　玲 ，彭　方 ，万　霞 （１．中国农业科学院油料作物研究所／农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室，湖北 武汉，４３００６２； ２．油料油脂加工技术国家地方联合工程实验室，湖北 武汉，４３００６２； ３．油料脂质化学与营养湖北省重点实验室，湖北 武汉，４３００６２ ４．武汉大学，生命科学学院，中国典型培养物保藏中心，湖北 武汉，４３００７２） 　　摘要：新近发现来源于北极的海洋细菌Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｂａｌｔｉｃａ６－４２在低温条件下合成超长链多不饱和脂肪酸二 十碳五烯酸（ｅｉｃｏｓａｐｅｎｔａｅｎｏｉｃａｃｉｄＣ２０∶５，ＥＰＡ）。为了进一步探讨ＥＰＡ合成调控机理，本研究通过第三代高通量 测序技术对Ｓ．ｂａｌｔｉｃａ６－４２菌株进行全基因组测序，得到高质量且无间断的总长度为５．１５Ｍｂ的全基因组序列信 息。分析表明全基因组的ＧＣ含量为４６．１７％，预测编码基因有４５９７个，共有２５７７个基因具有明确的生物学功 能，其中３４８个基因参与环境适应性调节，６０个基因参与油脂代谢途径。全基因组存在６４０５３个甲基化修饰位点， 且甲基化修饰类型主要是ｍ６Ａ和少量的ｍ４Ｃ。根据同源序列比对，解析了该菌株中参与ＥＰＡ合成的聚酮合酶 （ｐｏｌｙｋｅｔｉｄｅｓｙｎｔｈａｓｅ，ＰＫＳ）途径５个关键基因及调控因子。同时对脂肪酸合成途径的其他关键基因和次级代谢产 物合成基因簇进行了预测。根据已报道的另两株不同亚种Ｓ．ｂａｌｔｉｃａＯＳ１５５和Ｓ．ｂａｌｔｉｃａＯＳ６７８的基因组信息进行 全基因组关联比较分析，结果显示三株细菌都保存有参与合成ＥＰＡ的ＰＫＳ基因簇，但其他功能基因的进化差异较 大。本研究结果为Ｓ．ｂａｌｔｉｃａ６－４２ＥＰＡ合成关键基因以及其他功能基因的挖掘和应用提供数据支持。 关键词：Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｂａｌｔｉｃａ；二十碳五烯酸；第三代全基因组测序；聚酮合酶途径 中图分类号：Ｑ９３３　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００７－９０８４（２０１７）０３－０４０４－０１０ Ｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｇｅｎｏｍｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆ ＥＰＡ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇｍａｒｉｎｅｂａｃｔｅｒｉａＳｈｅｗａｎｅｌｌａｂａｌｔｉｃａ６－４２ １ １ １ ４ １，２，３ ＸＩＡＯＫａｎｇ，ＰＥＮＧＹｕｎ－ｆｅｎｇ，ＬＵＯＬｉｎｇ，ＰＥＮＧＦａｎｇ，ＷＡＮＸｉａ （１．ＯｉｌＣｒｏｐｓＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ／ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆ ＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＧｅｎｅｔｉｃＩｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔｏｆＯｉｌＣｒｏｐｓ，ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｗｕｈａｎ４３００６２，Ｃｈｉｎａ； ２．ＮａｔｉｏｎａｌａｎｄＬｏｃａｌＪｏｉｎｔＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＯｉｌＬｉｐｉｄＰｒｏｃｅｓｓｉｎｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｗｕｈａｎ４３００６２，Ｃｈｉｎａ； ３．ＨｕｂｅｉＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＬｉｐｉｄＣｈｅｍｉｓｔｒｙａｎｄＮｕｔｒｉｔｉｏｎ，Ｗｕｈａｎ４３００６２，Ｃｈｉｎａ； ４．Ｃｏ