基因差异转录表达验证方法研究进展-生物通.pdfVIP

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１５，３５（５）：９６１０２ ＤＯＩ：１０．１３５２３／ｊ．ｃｂ 基因差异转录表达验证方法研究进展 １，２ ２ ２ ２ ２ ２ ３ ２ 左海洋 　陈晓丽 　蔡　勇 　郝海生 　秦　彤 　赵学明 　路永强 　王　栋 （１吉林农业大学动物科学技术学院　长春　１３０１１８） （２中国农业科学院北京畜牧兽医研究所　农业部畜禽遗传资源与利用重点开放实验室　北京　１００１９３） （３北京畜牧总站　北京　１００１０７） 摘要　基因的差异表达与组织、细胞的生物学性状和功能密切相关，随着对组织、器官分化及细 胞、生物个体生长发育等的深入研究，大量差异转录基因的验证分析变得越来越重要。为此，该 领域基于核酸互补配对和ＰＣＲ原理建立了Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ和荧光定量ＰＣＲ等一系列基因差异转录 分析技术，利用这些方法对不同处理、不同组织器官、不同发育时段的基因差异转录进行了验证 分析，为后续的基因功能分析奠定了坚实基础，并且通过检测分析，使基因差异表达分析方法由 定性到定量、由繁琐复杂到简单快速、由以大量ＲＮＡ为前提到对少量ＲＮＡ样品的检测，甚至建立 了单细胞荧光定量ＰＣＲ方法，基因差异转录验证方法正在向更高效、精准方向发展，并使成本逐 步降低。但是，到目前为止，生殖细胞等样品取样较为困难、精子等ＲＮＡ含量较少样品的基因差 异表达验证挑战性还仍然很大。从验证方法发展历程的角度，对基因差异转录验证方法进行了 总结，希望为取样难度较大、ＲＮＡ含量较低样品的基因差异表达分析提供有价值的参考。 关键词　基因差异表达　荧光定量ＰＣＲ　核酸杂交　核酸探针 中图分类号　Ｑ７８６ ［４］ 　　生物体的生命活动是通过基因的精细表达实现 ｓｅｑ） 等技术的广泛应用，加快了基因差异表达分析 的，在细胞和个体的整体环境下，各阶段基因特异而精 速度。大量基因差异表达数据的验证分析，成为一系 细的表达调控，使得生命体的基本单元细胞有序完成 列生物信息学分析后，对差异表达基因进行后续研究 了增殖、分化、生长、凋亡及对各种理化因子的应答，并 ［５］ （如基因功能分析等）的基础 ，不同验证方法对目标 表现为个体的生长、发育、衰老、死亡等生命现象。不 差异表达基因的筛选速度、准确性、成本有不同影响。 同组织、不同时期基因的有序表达即基因表达的时间 最初基于核酸杂交原理建立了一系列基因差异表达分 和空间特异性，即为基因的差异表达（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｇｅｎｅ 析方法，但诸多不足难以避免，如原位杂交虽可直接在 ［１］ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ） ，成为调控细胞生命活动过程的核心，因 组织或细胞标本上原位检测，解决了特殊样品难以获 此，通过比较同一类细胞（或不同细胞）不同生理（或病 取问题，但不能进行定量分析［６］，Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｏｌｔ、液相分 理）条件下或不同生长发育阶段的基因表达差异，成为 子杂交法虽逐渐提高了定量水平和分析通量，但无法 分析生命活动规律和揭示疾病发生及药物作用机理的 简化繁杂的检测流程，并实现微量样品的检测分析。 ［２］ ［７］ 重要手段 。抑制消减杂交（ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎｓｕｂｔｒａｃｔｉｖｅ ＰＣＲ技术 发明后，ＲＴＰＣＲ、荧光定量 ＰＣＲ等方法大 ［３］ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ＳＳＨ） 及高通量转录组测序 （ＲＮＡ 幅提高了检测灵敏度，使微量