宏基因组测序专题手册-联川生物.pdf

杭州联川生物技术股份有限公司 宏基因组测序专题手册 2017 年 5 月 编辑：施冰斌 葛长利 宏基因组测序专题手册 目录 宏基因组测序中的热门问题3 1、微生物组测序设置生物学重复的意义是什么，一般情况下，设置多少个重复合 适？3 2、16S 测序和宏基因组测序的主要区别是什么？ 3 3、16S 测序物种注释常用的数据库有哪些？这些数据库的特点（或优缺点）是什 么？4 4、16S 物种分类学注释中，常得到 Unclassified ，No_Rank ，Others 等意义？5 5、PCA、PCoA、NMDS 三种排序分析的生物学意义及区别是什么？5 6、Unifrac 距离（weighted 和 unweighted 区别）？7 7、测序数据中，有的样品测序量多，有的样品测序量少，这种情况怎么办？8 8、基于高通量测序的微生物多样性检测技术优势以及原理是什么？8 9、OTU 是什么？作用是什么？9 10、alpha 多样性和beta 多样性在微生物检测中的意义？ 9 11、16S 测序与其他项目关联原理及注意要点 10 12、物种差异分析原理 11 13、什么是嵌合体，嵌合体是否需要去除 11 14、什么是 Singleton OTU ，分析过程中是否需要去除？ 12 15、16S 多样性测序引物该怎么选择？ 12 宏基因组测序热门文献解读 13 微生物与女性健康 13 杭州联川生物技术股份有限公司 1 宏基因组测序专题手册 口腔微生物与儿童龋齿 18 肠道微生物与儿童营养不良22 肠道微生物与疾病 27 微生物与眼部健康 32 植物内生微生物 34 样本处理方式与微生物40 宏基因组测序特别专题47 专题一 16S 测序样本要求及取样建议 47 专题二 组间差异分析神器-STAMP 51 专题三 PICRUSt 分析介绍 55 专题四 MEGA 绘制系统发育树详解59 宏基因组测序实用教程分享65 LEfSe 在线分析教程 65 物种柱状图饼图绘制教程 71 TMEV 绘制热图教程74 在线 Venn 图绘制83 杭州联川生物技术股份有限公司 2 宏基因组测序专题手册 宏基因组测序中的热门问题 1、微生物组测序设置生物学重复的意义是什么 ，一般情况下，设置多少个重复 合适？ 生物学重复是指样本重复，比如 3 只小鼠，同时做同一个处理，就是三个生物学重复。 生物学重复对于测序的实验设计以及后续信息分析都非常重要，设置生物学重复主要有以下 几个作用： 1 ）能够消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度 2 ）增强结果的可靠性：测序的样本越多，越能够降低背景差异，从而增加结果可信度 3 ）检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过后续信息分 析可以发现异常样本，将其排除。 一般情况下，自然环境中（比如土壤，根系，植物等）及模式动物（比如大鼠，小鼠等） 建议每组至少 5 个生物学重复，一般推荐 10 个生物学重复；若是人类肠道，粪便等样品， 由于个体之间差别较大（比如环境，饮食，遗传条件