蓖麻dna甲基转移酶序列与基因表达分析-云南农业大学.pdfVIP

云南农业大学学报 （自然科学），２０１６，３１（４）：６０４－６１４ ｈｔｔｐ：／／ｘｂｙｎａｕｅｄｕｃｎ ＪｏｕｒｎａｌｏｆＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ） Ｅｍａｉｌ：ｘｂ＠ｙｎａｕｅｄｕｃｎ ：１０１６２１１／ｊｉｓｓｎ１００４－３９０Ｘ（ｎ）２０１６０４００５ ＤＯＩ 蓖麻ＤＮＡ甲基转移酶序列与基因表达分析 代梦媛，高　梅，郭丽芬，邓剑川，李文昌 （云南省农业科学院经济作物研究所，云南 昆明６５０２０５） 摘要：植物ＤＮＡ甲基化是与调控基因表达、保护基因组免受逆境胁迫等相关的表观遗传现象，其中关键酶 ＤＮＡ甲基转移酶催化ＤＮＡ序列维持甲基化和从头甲基化。本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学分析方 法、结合转录组数据和ＲＴＰＣＲ半定量表达分析，鉴别出蓖麻ＤＮＡ甲基转移酶氨基酸序列的结构特征、系统 发生和表达形式。结果如下：通过同源序列ＢＬＡＳＴ从蓖麻基因组数据库中获得８个ＤＮＡ甲基转移酶基因；系 统进化分析将８个蛋白分为４个亚家族：２个ＭＥＴ同源蛋白、２个ＣＭＴ同源蛋白、３个ＤＲＭ同源蛋白和１个 ＤＮＭＴ２同源蛋白，进一步发现ＤＮＡ甲基转移酶在系统进化上较为保守，分化发生在单双子叶植物分化之后； 亚细胞定位分析发现８个ＤＮＡ甲基转移酶都定位在细胞核中；蛋白结构域比对结果显示８个蛋白的Ｃ端催化 结构域都有６个保守ｍｏｔｉｆ参与甲基化修饰催化功能，表明蛋白具有基本的催化甲基化功能，而Ｎ端调节功能 域的差异将蛋白分为四类，其中ＲｃＤＮＭＴ２缺少Ｎ端调节结构域；结合转录组数据和ＲＴＰＣＲ半定量表达分析 发现蓖麻ＤＮＡ甲基转移酶基因 （除ＲｃＤＲＭ２外）在发育胚乳中相对其他检测组织高表达，推测是该时期的 胚乳低甲基化诱导甲基化基因高表达。该结果有助于全面了解蓖麻ＤＮＡ甲基转移酶特征及为从表观遗传深入 开展蓖麻品种改良具有重要理论指导作用。 关键词：蓖麻；ＤＡＮ甲基转移酶；甲基化；生物信息学；基因表达 中图分类号：Ｓ５６５６　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００４－３９０Ｘ（２０１６）０４－０６０４－１１ ＳｅｑｕｅｎｃｅａｎｄＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＤＮＡ ＭｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅｉｎＣａｓｔｏｒＢｅａｎ（ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓＬ．） ＤＡＩＭｅｎｇｙｕａｎ，ＧＡＯＭｅｉ，ＧＵＯＬｉｆｅｎ，ＤＥＮＧＪｉａｎｃｈｕａｎ，ＬＩＷｅｎｃｈａｎｇ （ＣａｓｈＣｒｏｐＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＹｕｎｎａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｋｕｎｍｉｎｇ６５０２０５，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ，ｗｈｉｃｈｃａｎｐｒｏｔｅｃｔｐｌａｎｔｇｅｎｏｍｅｆｒｏｍａｄｖｅｒｓｉｔｙｓｔｒｅｓｓａｎｄｒｅｇｕｌａｔｅｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｉｓｏｎｅｏｆｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ．ＤＮＡｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅｉｓｋｅｙｅｎｚｙｍｅｆｏｒｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇ ＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｎｄｄｅｎｏｖｏｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ．Ｉｎｔｈｉｓｒｅｓｅａｒｃｈ，８ｐｕｔａｔｉｖｅｇｅｎｅｓｅｎｃｏｄｉｎｇＤＮＡｍｅｔｈｙｌ ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄｆｒｏｍｃａｓｔｏｒｂｅａｎ（Ｒｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓ）ｇｅｎｏｍｅ．Ｔｈｅｓｅ ｇｅｎｅｓｈａｖｅｂｅｅｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄｉｎｔｏＭＥＴ，ＣＭＴ，ＤＲＭａｎｄＤＮＭＴ２ｓｕｂｆａｍｉｌｉｅｓｂａｓｅｄｏｎｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｒｅｌａ ｔｉｏｎｓｈｉｐａｎｄｄｏｍａｉｎｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄｔｈｅｉｒｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ，ｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓ，ａｎｄｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒｌｏｃａｔｉｏｎｓ ｗｅｒｅａｌｓｏｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ．Ｉｎａｄｄｉｔｉｏｎ，ｔｈｅｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｗａｓｉｎｓｐｅｃｔｅｄｔｈｒｏｕｇｈｔｈｅｈｉｇｈｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ