串联飞行时间质谱中亚胺离子的断裂特征及其在肽段鉴定中-分析化学.pdfVIP

第42 卷 分析化学 (FENXI HUAXUE)摇 研究报告 第7 期 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 2014 年7 月 Chinese Journal of Analytical Chemistry 1010 ~1016 DOI:10.11895/j.issn.0253鄄3820.130780 串联飞行时间质谱中亚胺离子的断裂特征及其 在肽段鉴定中的作用 * 1 2 王 勇 摇 李水明摇 何曼文 1 (深圳大学生命科学学院,深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室 , 2 深圳市微生物基因工程重点实验室 ,深圳518060) 摘摇 要摇 基质辅助激光解吸电离鄄串联飞行时间质谱(MALDI鄄TOF/ TOF)产生的亚胺离子可以提供丰富的肽 段组成信息,该方法通常用于基于数据库搜索的蛋白质鉴定,或者结合化学衍生法用于从头测序,因而在一 定程度上限制了对亚胺离子的认识及应用。 本研究利用239个串联质谱探索 MALDI鄄TOF/ TOF 中亚胺离子 的断裂特征以及它们在肽段鉴定中的应用,发现在高能碰撞诱导解离条件下组氨酸等14 种氨基酸可产生较 强的亚胺离子信号(50%阳性率),氨基酸的化学结构、位置效应和氨基酸残基个数是影响碎片离子强度的 主要因素。 此外,探讨了亚胺离子应用过程中的假阳性问题,提出亚胺离子相对强度的比较可以降低假阳性 和提高肽段鉴定确定度,有助于完善目前的数据库搜索算法和辅助从头测序分析。 关键词摇 亚胺离子;基质辅助激光解吸电离鄄串联飞行时间质谱;蛋白质鉴定;肽段鉴定 1摇 引摇 言 基质辅助激光解吸电离鄄串联飞行时间质谱(MALDI鄄TOF/ TOF)是一种稳健快速的蛋白质鉴定技 [1,2] 术 。 在串联飞行时间质谱上应用的高能碰撞诱导解离(CID)可以产生近乎完全的b鄄,y鄄离子序列和 + [3~5] 亚胺离子(Immonium ions,IM,RCH=NH ) 。 亚胺离子还可以在四极磁质谱、四极杆飞行时间质谱 2 (Q鄄TOF)和静电轨道场离子阱质谱(Orbitrap)的更高能量 C鄄trap解离(HCD)条件模式下产生,它们所 [6~8] [9] 提供的氨基酸组成信息有助于缩小候选肽段范围 。 基于Q鄄TOF质谱数据,Hohmann 等 发现苯丙 氨酸等8种氨基酸残基的亚胺离子峰强度与它们在序列之中出现的可能性存在相关性,因此,亚胺离子 的预测能力有可能被整合入数据库搜索算法。 在HCD解离条件下,Orbitrap产生的内部断裂离子和亚 [10] 胺离子已被用于从头测序软件pNovo 。 TOF/ TOF 仪器中的高能CID类似于磁质谱,但是它具有更高 [4] 的检测效率和在全部碎片离子质量范围内的分辨率 。 尽管TOF/ TOF仪器中肽段的CID断裂特征已