基于计算机辅助水解和蛋白互作网络的珍珠母寡肽作用-中国中药杂志.pdfVIP

２０１７年９月 第４２卷第１７期 Ｖｏｌ４２，Ｎｏ１７ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ，２０１７ 基于计算机辅助水解和蛋白互作网络的 珍珠母寡肽作用机制解析 陈艳昆，乔连生，霍晓乾，张栩，韩娜，张燕玲 （北京中医药大学 中药学院，北京 １００１０２） ［摘要］　珍珠母蛋白及活性肽是珍珠母发挥疗效的主要成分之一，解析其药效物质及作用机制具有重要研究意义。该研究 利用计算机辅助水解和蛋白互作网络等模拟技术，获得珍珠母的活性寡肽成分，预测其潜在的作用靶标并解析珍珠母寡肽的 作用机制。通过收集珍珠母的主要珍珠层蛋白序列，采用计算机辅助水解方法进行蛋白的模拟消化水解，构建了包含４５８条 珍珠母水解寡肽的三维结构数据库。随后利用反向找靶技术预测珍珠母寡肽的作用靶点，并通过网络富集技术法对排名前 ２０的关键靶点及其蛋白互作关系进行分析，获得１２个功能模块。从系统角度理解各种生物学过程，发现珍珠母寡肽的作用 靶点与神经系统相关疾病有密切关系，提示珍珠母寡肽具有能治疗中枢神经类相关疾病的功效。计算机辅助水解方法可以 高效地对已知序列结构的珍珠母蛋白进行模拟水解，并结合蛋白互作网络，解析珍珠母寡肽治疗神经类疾病的作用机制。该 研究为探讨中药寡肽类药效物质发现及作用机制解析的提供研究思路，为开展寡肽类中药设计研究提供了重要的技术支撑。 ［关键词］　计算机辅助水解；珍珠母；蛋白互作网络；反向找靶；药效团；寡肽 ＰｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌｍｅｃｈａｎｉｓｍａｎａｌｙｓｉｓｏｆｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｆｒｏｍＰｉｎｃｔａｄａｆｕｃａｔａ ｂａｓｅｄｏｎｉｎｓｉｌｉｃｏｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋ  ＣＨＥＮＹａｎｋｕｎ，ＱＩＡＯＬｉａｎｓｈｅｎｇ，ＨＵＯＸｉａｏｑｉａｎ，ＺＨＡＮＧＸｕ，ＨＡＮＮａ，ＺＨＡＮＧＹａｎｌｉｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭａｔｅｒｉａｌＭｅｄｉｃａ，ＢｅｉｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１００１０２，Ｃｈｉｎａ） ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］　ＰｉｎｃｔａｄａｆｕｃａｔａｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｉｓｏｎｅｏｆｋｅｙｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｅｆｆｅｃｔｉｖｅｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔｓｏｆＰ．ｆｕｃａｔａ．Ｉｔｉｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｔｏａｎａ ｌｙｚｅｉｔｓｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌｅｆｆｅｃｔａｎｄｍｅｃｈａｎｉｓｍ．ＴｈｉｓｓｔｕｄｙａｉｍｓｔｏｄｉｓｃｏｖｅｒｔｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓｆｒｏｍＰ．ｆｕｃａｔａａｎｄａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆＰ．ｆｕｃａｔａｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｂａｓｅｄｏｎｉｎｓｉｌｉｃｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋ（ＰＩＮ）．Ｆｉｒｓｔ，ｍａｉｎｐｒｏ ｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＰ．ｆｕｃａｔａｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄ，ａｎｄｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｕｓｉｎｇｉｎｓｉｌｉｃｏｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｔｒａｃｔｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ． Ｔｈｅｎ，ｋｅｙｐｏｔｅｎｔｉａｌｔａｒｇｅｔｓｏｆＰ．ｆｕｃａｔａｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｔｈｒｏｕｇｈｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅｓｃｒｅｅｎｉｎｇ．Ｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒ ａｃｔｉｏｎ（ＰＰＩ）ｏｆｔａｒｇｅｔｓｗａｓａｃｈｉｅｖｅｄａｎｄｉｍｐｌｅｍｅｎｔｅｄｔｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔＰＩＮａｎｄａｎａｌｙｚｅｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆＰ．ｆｕｃａｔａｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｐ． ｆｕｃａｔａｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｄａｔａｂａｓｅｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂａｓｅｄｏｎｉｎｓｉｌｉｃｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ４５８ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｔｗｅｌｖｅｍｏｄｕｌｅｓｗｅｒｅｉ ｄｅｎｔｉｆｉｅｄｆｒｏｍＰＩＮｂｙａｇｒａｐｈｔｈｅｏｒｅｔｉ