基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法研究-计算机应用研究.pdfVIP

第３４卷第２期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ３４Ｎｏ２ ２０１７年２月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｆｅｂ．２０１７ 基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法研究 林　勇，刘湘琼 （上海理工大学 医疗器械与食品学院，上海２０００９０） 摘　要：针对目前拷贝数变异检测存在的参数优化、额外信息利用不充分等问题，提出一种基于隐马尔可夫模 型的拷贝数变异检测算法。首先对读数据与参考序列比对并存储匹配失效的数据，实现窗口读数据的计数和平 滑校正；然后引入隐马尔可夫模型对读计数的异常信号进行检测，得出候选的拷贝数检测结果；最后采用基于匹 配失效数据的裂读比对实现候选结果的过滤，从而提高检测性能。模拟和实验数据的拷贝数变异检测结果表明 该算法具有较高的检测精度和覆盖度，优于现有常用的检测算法。 关键词：拷贝数变异；变异检测；隐马尔可夫模型；裂读法 中图分类号：ＴＰ３０１６　　 文献标志码：Ａ　　 文章编号：１００１３６９５（２０１７）０２０４３６０４ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１７．０２．０２６ ＳｔｕｄｙｏｆｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｎｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｂａｓｅｄｏｎｈｉｄｄｅｎＭａｒｋｏｖｍｏｄｅｌ ＬｉｎＹｏｎｇ，ＬｉｕＸｉａｎｇｑｉｏｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｄｉｃａｌＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔ＆ＦｏｏｄＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｈａｎｇｈａｉｆｏｒＳｃｉｅｎｃｅ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２０００９０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｏｗａｒｄｓｔｈｅｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｏｆｐａｒａｍｅｔｅｒｓｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎａｎｄｎｏｔｍａｋｉｎｇｆｕｌｌｕｓｅｏｆａｄｄｉｔｉｏｎａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆ ｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｎｔｓ，ｔｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｏｐｏｓｅｄａｎｅｗｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｂａｓｅｄｏｎｈｉｄｄｅｎＭａｒｋｏｖｍｏｄｅｌ．Ｆｉｒｓｔｌｙ，ｉｔａｌｉｇｎｅｄｔｈｅ ｒｅａｄｓｔｏｔｈｅｒｅｆｅｒｅｎｃｅａｎｄｓａｖｅｄｔｈｅｕｎｍａｔｃｈｅｄｒｅａｄｓ，ｃｏｕｎｔｅｄｔｈｅｍａｔｃｈｅｄｒｅａｄａｎｄｎｏｒｍａｌｉｚｅｄｔｈｅｍｓｍｏｏｔｈｌｙ．Ｔｈｅｎ，ｉｔｄｅ ｓｉｇｎｅｄｈｉｄｄｅｎＭａｒｋｏｖｍｏｄｅｌｔｏｒｅａｌｉｚｅｔｈｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆａｂｎｏｒｍａｌｓｉｇｎａｌｏｆｒｅａｄｃｏｕｎｔｄａｔａａｎｄｇａｖｅｔｈｅｃａｎｄｉｄａｔｅｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｓ．Ｉｔｆｉｎａｌｌｙｕｓｅｄｔｈｅｓｐｌｉｔｒｅａｄｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄｏｎｕｎｍａｔｃｈｅｄｒｅａｄｓａｂｏｖｅｔｏｆｉｌｔｅｒｔｈｅｃａｎｄｉｄａｔｅｒｅｓｕｌｔｓｓｏａｓｔｏ ｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ．Ｔｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｒｅｓｕｌｔｓｏｆｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｎｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎｆｒｏｍｂｏｔｈｓｉｍｕｌａｔｉｏｎａｎｄｅｘｐｅｒｉ ｍｅｎｔａｌｄａｔａｉｎｄｉｃａｔｅｔｈａｔｐｒｏｐｏｓｉｎｇａｌｇｏｒｉｔｈｍｈａｓｈｉｇｈｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｃｃｕｒａｃｙ／ｃｏｖｅｒａｇｅａｎｄｉｓｂｅｔｔｅｒｔｈａｎｃｕｒｒｅｎｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｌｇｏ ｒｉｔｈｍｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｎｔ；ｖａｒｉａｔｉｏｎｄｅｔｅｃｔｉｏｎ；ｈｉｄｄｅｎＭａｒｋｏｖｍｏｄｅｌ；ｓｐｌｉｔｒｅａｄ 贝数的变化时，测序数据中匹配至该区域的读数据数量较其他 ０　引言 区域会有明显增加或减少。基于这种方法，研究人员已经开发