利用BLAST工具寻找新基因.ppt

案例分析 考虑到最后一个sbjct序列太短，没有参考价值，个人认为可以忽略。 案例分析 CU539131.1的三个主要sbjct片段 验证结果均未找到该物种的相同蛋白，从某种意义上，我们就可以确定CU539131.1所对应的基因是一个新基因。 案例分析 Step4：找到 CU539131.1对应的基因，开展后续研究工作 这个基因还是最近提交到数据库的 在该基因的FEATURES下，只有source一项，可以和人的是视黄醇结合蛋白基因对比，新基因的特征还是很明显的。 点击FASTA可获取该基因的FASTA格式 FASTA格式： 类似的 视黄醇结合蛋白（猪） retinol-binding protein?[Sus scrofa] 201 aa?protein Accession:?AAA31113.1?GI:?164633 在NCBI的搜索栏中搜索“Protein”中的“retinol-binding protein”，如图 按照上述方法步骤进行探索，发现新基因是非常容易的，大家加油！ 思考与讨论 示例中发现的新基因存在于人类肠道的宏基因组中，宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。 思考与讨论 如果人类 肠道的宏基因组可以产生与视黄醇结合蛋白类似的有转运维生素功能的蛋白质产物，那么，它会对人体有什么影响呢？ 我们可以大胆推测，一方面，维生素等营养物质大都是在小肠被机体吸收的，如果肠道内存在 由CU539131.1表达的具有转运维生素功能的分泌型蛋白，那么，这些蛋白质有可能有利于肠道对维生素的摄取；另一方面，该蛋白质是由微生物菌群产生的，很有可能它会辅助微生物菌体摄取维生素，其结果可能是造成机体本该摄取的维生素的量降低，危害人体健康。我们可不可以改造它的这一特性为我们所用。 当然这就需要进一步深入的 研究了，但我想说的是如果在找到一个新基因之后，能够引发这样的思考，这才真正的体现出了寻找新基因的意义。 思考与讨论 作为新基因寻找的第一步，起始蛋白的选择是至关重要的。选择的是否得当将严重影响到新基因的发现与否。 使用多种方法以及多种数据库也会提高新基因检出的成功率。不同网站提供同一类型的服务时，基于不同的实现方法，且这些方法大都根据不同的数据集构造并测试，因此可以综合不同方法的结果进行应用，以提高结果的准确性和可信度。 参考文献 作 者：不详 作者单位：华中科技大学 生命科学与 技术学院 成稿日期：2011年1月6日 原文链接：/view/5bfd4c87bceb19e8b8f6ba28.html Reference 利用BLAST工具寻找新基因 生物工程二班 20104720208 郭广兴 前 言 这篇PPT从一个例子出发，介绍了 如何利用BLAST工具寻找新基因，以供大家参考。由于本人能力有限， 其中可能有部分观点理解不到位，介绍的也不够详细，仅供参考。不足之处还请大家批评指正 。 本人保留对这篇PPT的所有权利（All rights reserved），仅限于交流、学习之用，未经允许，严禁分享、上传，希望大家尊重他人的劳动成果，谢谢！ 发现新基因 发现新基因是指在数据库中发现一些还没有被注释的DNA序列。 新基因序列，是指在数据库中已经存在，但在蛋白质水平上还没有完全匹配的基因序列，或者是在蛋白质水平上也有完全匹配的但却来自于另一个物种的基因序列。 BLAST BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。 方法步骤 首先从一个已知的蛋白质序列出发，搜索一个DNA数据库；找到尚未注释的、与查询序列相关的序列匹配，得到新发现的基因和对应的蛋白质；采用多种措施来验证匹配结果，证实确实发现了新的基因。 方法步骤 方法步骤 数据库和工具 我采用的数据库为美国国立生物技术信息中心（The National Center for Biotechnology Information 网址：/）GenBank数据库。 使用的工具为BLAST（Basic Local Alignment Search To