改进的基因拷贝数变异检测算法-计算机工程.pdf

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改进的基因拷贝数变异检测算法-计算机工程

第39 卷 第1 期 计 算 机 工 程 2013 年1 月 Computer Engineering January 2013 Vol.39 No.1 文献标识码文献标识码::A 文献标识码文献标识码:: 中图分类号中图分类号::TP301.6 文章编号文章编号::1000——3428(2013)01——0309——04 中图分类号中图分类号:: ·开发研究与设计技术·开发研究与设计技术·· 文章编号文章编号:: —— —— —— ··开发研究与设计技术开发研究与设计技术·· 改进的改进的基因拷贝数变异基因拷贝数变异检测算法检测算法 改进的改进的基因拷贝数变异基因拷贝数变异检测算法检测算法 李李 平,平,杨洪斌杨洪斌,吴,吴 悦悦 李李 平平,,杨洪斌杨洪斌,,吴吴 悦悦 (上海大学计算机工程与科学学院,上海 200072) 摘摘 要:要:cnvPartition 算法在单核苷酸多态性数据上运算时间复杂度较高。为此,提出一种改进的基因拷贝数变异(CNV)检 摘摘 要要:: 测算法。将二元分割与cnvPartition 算法相结合,优先查找显著变异断点,再检测出隐藏性变异断点。实验结果表明,该算 法在位点数增加时,最高可提高50%的检测速度,利于检测出小片段的CNV 变异。 关键词关键词:拷贝数变异: ;cnvPartition 算法;二元分割;单核苷酸多态性;环状二元分割;Z 检验 关键词关键词:: Improved Gene Copy Number Variation Detection Algorithm LI Ping, YANG Hong-bin, WU Yue (School of Computer Engineering and Science, Shanghai University, Shanghai 200072, China) 【【Abstract 】】To solve the problem that the cnvPartition algorithm runs slowly on the Single Nucleotide Polymorphisms(SNP) data, 【【 】】 this paper presents an improved gene Copy Number Variation(CNV) detection

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