植物功能性基因体研究plantfunctionalgenomics.pdfVIP

第四章 植物功能性基因體研究 Plant Functional Genomics 余淑美 中央研究院 分子生物研究所 研究員 一、前言 目前全球人口約為61億，而這個數目仍在快速增加中。一般預期在公元2050年時，全世 界的人口將增加至90億。由於生活水準的提高，屆時糧食的產量可能必須加倍才可滿足所有 需求。同時，農作物也需要針對下列重要性狀加以改良，才能滿足消費者在質與量上的需求。 這些性狀包括增加抗病蟲害及殺草劑能力；增加適應低溫、高溫、缺氮及缺水的能力；增加 有效吸收養分及可密集種植的能力；降低真菌毒素污染的機會；以及改進穀粒的含油量、含 油種類、蛋白質、碳水化合物及其他營養成份等。對植物基因體的瞭解及持續的農業生物科 技研究將可達到增加作物產量、改進作物品質及維護環境的目的。因此，美國在數年前即已 開始資助兩個研究群進行阿拉伯芥的基因體核 酸序列分析工作。美國自1998年開始一個為 期5年的研究計畫，2003年將開始另一個5年計畫，資助全國23個研究室從事玉米、大豆、蕃 茄及棉花的基因體生物資訊學與功能分析工作 。而美國許多知名生物科技公司亦參與其他重 要作物的基因體生物資訊學與功能分析工作，日本在1991年即開始從事水稻基因體核 酸序 列分析工作。加拿大、澳大利亞、歐洲許多科技先進國家亦在多年前開始阿拉伯芥、水稻及 其他重要農作物的基因體序列分析及功能性研究。可以預見的是未來五年中，植物基因體的 研究將突飛猛進。 植物基因體生物資訊學與功能分析探討任何一個生物體其基因體中各個基因在生化生 理、代謝作用、細胞生長發育及適應環境能力上的功能。這些研究結合了分子生物學、資訊 學、電機及光學各方面高科技的共同應用，可全面提升一個國家生物科技研究的水準，也對 未來糧食供應及環境保護有較優勢的控制。台灣的中研院植物所於 1999 年開始，亦已加入 全球水稻基因體核 酸序列分析的工作。自 2001 年開始，在農業生物技術國家型計畫的補 助下，台灣主要選擇水稻、蘭花及蕃茄為重點作物進行基因體計畫。自 2002 年開始，中研 院亦開始資助為期三年之植物基因體與蛋白質研究。 二、植物基因體組成 41 基因體上個別基因的核 酸序列決定蛋白質的胺基酸組成，而蛋白質是執行基因功能的 主要分子，不同蛋白質可以執行類似或完全不相同的功能。基因體的大小與生物的進化程度 有些關係，例如病毒基因體最小，其次是細菌、酵母菌、線蟲、果蠅、鳥類、人類（表一）。 但是植物基因體的大小，則與進化程度無甚大關係。大部分農作物的基因體相當龐大（表二）， 但是一種屬於十字花科的野草，如今卻成為最被普遍使用的研究模式植物─阿拉伯芥 (Arabidopsis) ，其基因體則只有1.3 x 108 個核 酸，大小與果蠅的基因體差不多，只比酵母 菌約多了10 倍。阿拉伯芥植株甚小，但是麻雀雖小，五臟俱全，其基因體共包含了約26,000 個基因，幾乎植物該有的基因，阿拉伯芥都具備了。此外，阿拉伯芥生活史短，易進行突變 及遺傳分析及易進行基因轉殖。歐美許多國家及日本的不同研究室共同參與阿拉伯芥基因體 核 酸序列的分析，藉助於許多核 酸序列自動分析儀日夜不停的工作及強有力的電腦軟體 分析，在公元2000 年 12 月，整個阿拉伯芥的基因體核 酸序列全部被分析完成，這是第一 個被成功完整分析的植物基因體，提供許多對基礎或應用研究極有價值的重要資訊。 （ ） 表一、不同生物基因體大小的比較 1 5 藻類（algae ） 6.6 x 10 bp 黴漿菌（mycoplasma ） 1.0 x 106 b