生物体系的多层次计算设计与合成生物学-生物通.pdfVIP

中国科学: 生命科学 2015 年 第45 卷 第10 期: 943 ~ 949 《中国科学 》杂志社 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 评 述 中国科学院 科学与技术前沿论坛 合成生物学专辑 生物体系的多层次计算设计与合成生物学 刘海燕, 黄斌 中国科学技术大学生命科学学院, 合肥 230027 E-mail: hyliu@ 收稿日期: 2015-03-16; 接受日期: 2015-05-20 国家重点基础研究发展计划(批准号: 2011CBA00803) 、国家自然科学基金委员会- 中国科学院学科发展战略研究合作项目(批准号: L1222037)和中国科学院合肥大科学中心研究项目(批准号: 2015SRG-HSC041)资助 doi: 10.1360/052014-0261 摘要 合成生物学的核心思想是将现代工程学的原理与方法引入对生命系统的改造和 关键词 构建中. 生命活动覆盖从分子到细胞再到有机体等不同层次. 合成生物学研究同样跨越 生物信息学方法 分子设计 了多个层次, 例如, 在分子层次进行生物元件和器件的设计和标准化、通过合成基因线路 网络动力学 研究生物网络的设计和调控原理、在途径和网络层次进行细胞内代谢网络和代谢途径的 代谢网络分析 人工设计改造等. 本文一方面试图对与此有关的既有计算机模拟与设计方法加以总结和 介绍, 另一方面探讨这些不同层次的计算模拟与设计工具可应用于哪些方面的合成生物 学问题, 以及既有方法可能在哪些方向上还有比较大的发展潜力, 能更好满足合成生物 学研究需求. 合成生物学中的计算设计是不同层次计算生物 1 分子层次的计算与设计 学方法的综合应用. 在分子层次, 从天然生物分子中 发掘可用元器件需要用到序列结构比较、化学相似性 1.1 生物分子的序列和结构比较 比较、结构和功能预测等计算工具; 进化设计、基于 序列/ 结构比较的目的是判断不同生物大分子序 结构的设计等可以应用于以天然生物分子为模板进 列和结构之间是否存在相似性, 并在此基础上建立 起不同序列上的氨基酸位置(或核苷酸位置)之间的 行元器件功能的改造、优化, 甚至引入新的功能. 在 对应关系(称为 alignment)[1~3]. 基于序列/ 结构比较, 网络层次, 基因线路等具有信息处理、调控能力的模 可以根据对其他生物分子的既有知识对研究者们所 块的设计需要建立网络动力学模型并对其进行分析、 关心的生物分子及其某些方面的特性做出预测, 并 预测; 流量平衡分析可用于预测代谢网络在经过人 给出能反映预测可信程度的统计参量. 此外, 还可以 工改造前后的代谢能力; 基于代谢反应数据库的代 基于不同生物分子的相似和不同之处对序列-结构- 谢路径检索、发现软件可以为代谢途径设计提供指导. 功能关系进行总结. 本文将对这些计算方法所针对的问题及其基本原理