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不同作物FAD2基因密码子偏好性研究 　　摘要：本研究运用多种软件对12种作物的 FAD2基因进行密码子偏好性分析。结果表明：FAD2基因在12种作物中密码子使用偏好性差异很大，禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密码子数（Effective Number of Codons， ENC）在30左右，为偏好性很强的基因；油料作物油菜和亚麻的FAD2基因的ENC值分别为45.49和48.58，为一般偏好性基因；另外6种油料作物和模式植物拟南芥的FAD2基因ENC值都大于50，偏好性较弱。玉米、水稻、高粱、油菜、亚麻、花生和拟南芥的FAD2基因偏好以G或C碱基结尾的密码子，其余5种油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T结尾的密码子。在12种作物中，密码子CTC的RSCU值都大于1，属于高频使用的密码子；而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC属于低频密码子。在聚类分析中，12种作物基于FAD2基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。 关键词：FAD2基因；密码子偏好性 中图分类号：Q755文献标识号：A文章编号：1001-4942（2013）07-0024-06 脂肪酸脱氢酶（Fatty Acid Desaturase， FAD2）是存在于作物细胞内质网表面的一种脱氢酶，可以向油酸（C18∶1）引入第二个双键，提供质膜结构所需的亚油酸（C18∶2）等多元不饱和脂肪酸，是作物产生多聚不饱和脂肪酸的关键酶。不饱和脂肪酸在增加生物膜的流动性中发挥重要作用，其在生物膜中的含量和作物的抗寒性、抗高温性、以及抗病性等有极其重要的作用；在人和动物体内也发挥着重要作用，包括脂类代谢、心血管功能调节、血糖浓度调节、癌细胞调控、免疫调节、对视力和脑的发育调控、骨质形成的调控等各个方面[1]。由于FAD2只存在于作物和微生物中，人体细胞中没有FAD2基因，自身不能合成α-亚麻酸（ALA）、γ-亚麻酸（GLA）等多不饱和脂肪酸，必须从食物中摄取[2]。 目前，拟南芥[3]、油菜[4]、大豆[5]等多种植物的FAD2基因已被克隆并应用于转基因作物的研究。本研究分析了棉花、花生、油菜、大豆、蓖麻、亚麻及千年桐、油桐等8种油料作物的FAD2基因的密码子使用特征，并与模式植物拟南芥和禾本科植物玉米、水稻、高粱进行比较。根据FAD2基因密码子的RSCU（Relative Synonymous Codon Usage）值对12种作物进行了聚类分析，并将其聚类结果与基于FAD2基因CDS（Coding DNA Sequences）序列的聚类结果做了比较。了解FAD2基因的密码子在各个作物中的使用特性，为进一步深入研究FAD2基因及其表达调控机制等提供重要理论依据。 1材料与方法 1.1序列来源 本研究使用的FAD2基因蛋白编码序列（CDS）来源于GenBank （http：///） ，不同作物的FAD2基因在数据库中的登录号见表1。 1.2分析方法 1.2.112种作物的FAD2基因同义密码子碱基组成及偏好性分析运用Codon W1.4.2软件（http：///）对12种作物的FAD2基因的CDS序列进行分析，分别计算每条序列同义密码子的相对使用度、有效密码子数、GC及GC3s含量。并利用Mobyle在线工具（http：//mobyle.pasteur.fr）中的CUSP计算GC1s和GC2s含量。 （1） 同义密码子相对使用度（RSCU）是对同义密码子使用偏爱性的评估，定义为某一同义密码子使用次数的观察值与该密码子出现次数的期望值的比值。如果密码子的使用无偏爱性，则 RSCU值为1；如果某一密码子使用频繁，则RSCU值大于1；如果某一密码子使用频率低，则RSCU值小于1。RSCU值直观地反映了密码子使用的偏好性[6]。 （2） 有效密码子数（ENC）反映基因密码子使用的偏爱程度，取值范围为20（每个氨基酸只使用一个密码子）～61（各个密码子被均衡使用），其值越小，表明该基因的密码子使用偏好性越强[7]。 （3） 密码子的组成度量指标包括GC（鸟嘌呤和胞嘧啶）、GC1s（同义密码子第1位的鸟嘌呤和胞嘧啶）、GC2s（同义密码子第 2 位的鸟嘌呤和胞嘧啶）、GC3s（同义密码子第 3 位的鸟嘌呤和胞嘧啶）含量。 1.2.2基于密码子RSCU值及CDS序列的聚类分析利用SAS 8.1软件（Institute Inc.， Cary， North Carolina， USA）编程，以每条基因作为研究对象，将59个密码子（去除3个终止密码子和2个只编码Trp、Met的密码子）的RSCU值作为变量，根据其相对使用度之间的欧氏距离，采用系统聚类法中的最大距离法进行聚类，并对12种作物FAD