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3DMed Panel 分子诊断 PI3K-AKT-mTOR信号通路变异(15%) FBXW7 Mut PIK3CAMut PIK3R1/2 Mut NF1 Mut AKT1/3 Mut 3DMed mTOR调控信号通路驱动变异汇总 pTEN Mut Deletion TSC1/2 Mut 结直肠癌 胆囊癌 肺癌 多形性肉瘤 胰腺癌 乳腺癌 胃癌 mTOR Mut 胃癌 结直肠癌 乳腺癌 乳腺癌 肺癌 肝癌 下咽癌· 胆管癌癌· 肾癌· 肾癌· 肾癌· 肾癌· 肝癌· 肝癌· 头颈部肿瘤癌· 胰腺癌 肝癌· 乳腺癌· 胆囊癌· HER2在2000例肿瘤中的变异分布 S:点突变/插入 A:扩增 T:截断 R:融合/重排 Her2 Mutation Identified Bladder Cancer Colon Cancer Endometrial Cancer Gastric Cancer Ovarian Cancer Breast Cancer S310 L755 V777 V842 KD Insertion Other Solid Tumors Her2变异指导的篮子试验 (Basket Trial):异病同治 2014, ASCO 定义:将某种靶点明确的药物看作一个篮子,“篮子试验”即将带有相同靶基因的不同癌症放进这个篮子里进行研究; 本质:是一种药物治疗不同的肿瘤,“异病同治”; 精准医学指导的新型临床试验的发展 (Process) HER2:所有实体瘤 SU2C:500例 前列腺癌 二代测序 5种药物 LungMap:4000例肺癌 TAPUR 2015: 3000例晚期实体瘤、 多发性骨髓瘤、 B细胞非霍奇金淋巴瘤; 10-15个药物 NCI-MATCH 2015: 3000 例 实体瘤、 淋巴瘤,含1/4罕见肿瘤; ORR(16-25%); 6 mons PFS(35%); 20药物 进展期实体瘤 精准治疗研究 入组标准:常规治疗失败 主要观察指标:ORR (16-25%) DCR 次要观察指标:N个月 PFS 次要观察指标:N个月 OS 第一阶段:POC Trial 概念验证临床研究 8周后 影像观察;单臂(干预组:6人) 第二阶段:Expanded Trial 扩展性临床研究 统计6个月PFS; 单臂(干预组10人) 第三阶段: 统计12个月OS; 双臂(对照组5人:干预组15人) NGS的挑战与现状: Ultra-Deep Seq (800X) 非热点变异位置的覆盖率 使用Ultra-Deep Seq检测多种变异形式 NGS带来的临床信息注释的挑战 功能的注释----------对临床文献的规范解读(建立规范的解读路径和在 规范路径指导下的临床变异注释数据库) 功能的注释---------对变异功能的解读 Cell Line CDX (Cell derived xenograft) PDX (Patient derived xenograft) Expression Pattern in biopsy 驱动基因变异的复杂性对临床研究与应用的挑战 结直肠癌 Nature. 2012 Jul 8;487(7407):330-7. (n=276) Nature. 2012 Aug 30;488(7413):660-4 (n=70) Nat Med. 2012 Feb 12;18(3):382-4 (n=40) 威罗非尼 在BRAF V600突变的非黑素瘤的“篮子试验” Cancer Discov. 2012 Mar; 2(3): 227–235 EGFR TKI联合BRAFi杀伤BRAF突变结直肠癌细胞 BRAF 融合存在于(PCR检测): 3% (14/531) 的黑色素瘤; 2% (15/701) 胶质瘤; 1.0% (3/294) 甲状腺癌; 0.3% (3/1,062) 胰腺癌; 0.2% (8/4,013) 非小细胞肺癌 0.2% (4/2,154) 结直肠癌中 International Journal of Cancer, 2015. BRAF融合的临床信息注释 体外实验中BRAF融合突变对索拉非尼敏感,而对威罗菲尼不敏感 AGK-BRAF BRAF V600E BRAF V600E Pigment Cell Melanoma Res. 2013 November ; 26(6) KIAA1549-BRAF融合病人索拉非尼治疗有效 软组织肉瘤: KIAA1549-BRAF 融
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