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比较基因组学原理及应用 成员：韩柳 阎永伟 黄继 马寿光 朱琳 姜南 李春丽 比较基因组学相关概念 韩柳 比较基因组学概念 概念 部分真核、原核生物基因组成成份分析 通过基因组数据进行比较基因组学研究 例子： 尿殖道支原体带有已知最小的基因组，可依此确定能自我复制的细胞必需的一套最少的核心基因。 流感嗜血杆菌的基因组为1.83MB,尿殖道支原体的基因组只有0.58Mb,二者相差3倍多，那么，基因组是大小影响了基因的数目还是基因的尺度？ 流感嗜血杆菌的基因大小平均900bp,尿殖道支原体的基因为1040bp,他们基因大小差不多 流感嗜血杆菌中平均1024bp有一个基因，尿殖道支原体平均1235bp有一个基因。 结论：基因尺度减小并不引起基因密度的增加和基因本身尺寸的减小。 二者的差别在于基因数量上，流感嗜血杆菌基因有1743个ORF，而尿殖道支原体只有470个ORF 比较基因组有助于解决进化距离问题 测序技术与 比较基因组学 阎永伟 比较基因组学是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推测其他原核生物、真核生物类群中的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。 该学科的发展及所取得的成果与序列的积累相同步，尤其是人类全基因组序列的分析与比较使比较基因组学成为整个生物学领域最新、最重要、进展最快和影响最大的学科之一。 1. 已完成的测序 比较基因组学从一开始就是人类基因组计划的一部分。 人类基因组计划的原始计划是测定人类和一部分模式生物（如细菌，酵母，果蝇，秀丽隐杆线虫，小鼠等）的全基因组序列。 Homo sapiens? 2010年全部完成 Pan troglodytes Lander et al. 2005 ； Mus musculus? Waterston et al. 2002 ； Rattus norvegicus? Gibbs et al. 2004 ； Drosophila melanogaster? Adams et al. 2000 ； Escherichia coli? ? Blattner et al. 1997 ； Saccharomyces cerevisiae? Goffeau et al. 1996 ； Ciona intestinalis Dehal et al. 2002， Small et al. 2007； Caenorhabditis elegans? Stain et al. 2003， Stein et al. 1998 。 HGP完成以后： Gallus gallus 鸡 Blattner et al. 2004 , Bos taurus 牛 Elsik et al. 2009, Canis familiaris 狗 Lindblad-Toh et al. 2005, Apis mellifera 蜜蜂 Lindblad-Toh et al. 2006, Anthocidaris crassispina 紫海丹 Sodergren et al. 2006 Macaca mulatta? 恒河猴 Gibbs et al. 2007 In Entrez Genome，1000 complete Prokaryotic Genomes are available！ 2.测序技术概述 绝大多数生物的遗传物质为DNA，然而遗传信息却仅仅由四种碱基——A,T,C,G排列组合而成。 自从DNA的双螺旋结构被发现以后，能够知道DNA分子上四种碱基的顺序就成为了一个新的热点。 于是，继蛋白质和RNA测序之后，又出现了DNA测序。 自1977年出现DNA测序技术至今， 第一代测序技术 第二代测序技术 第