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生物信息学讨论班 生物信息学讨论班 生物分子相似性比较  生物分子相似性比较 —— 超级计算. 郎显宇 —— 超级计算 . 郎显宇 Outline  Outline  n  Introduction  n Introduction  n  Methods  n Methods  n  Software­CarboSimi  n Software ­ CarboSimi  n  Computational Results  n Computational Results  n  Discussion n Discussion  Introduction  Introduction  n 生物分子相似性比较 n 生物分子相似性比较 • 分子生物学，生物化学研 究的重要问题 •  分子生物学，生物化学研 究的重要问题 蛋白质序列与结构，结构与功能的预测； 蛋白质序列与结构，结构与功能的预测； • 分子模型的选择 •  分子模型的选择 n 假设分子的构象是固定的－刚体模型 n 假设分子的构象是固定的－刚体模型 n 分子构象改变，实际分子构象时刻都在变化－柔 n 分子构象改变，实际分子构象时刻都在变化－柔 性分子模型。 性分子模型。 Carbo相似性指数的引 出 Carbo 相似性指数的引 出 n 蛋白质及功能RNA 分子等之所以会产生各种各样的功能，原 因是它们 n 蛋白质及 功能 RNA 分子 等之所以会产生各种各样的功能，原 因是它们 有各种各样的空间结构。 有各种各样的空间结构。 n 长时 间以来，研 究生物大分子 间空间结构 的相似性时，除 了极少情况 n 长时 间以来，研 究生物大分子 间 空间结构 的相似性 时，除 了极少情况 下可以定量描述(如序 列相 同的蛋白质 间的RMS值) 外，绝大部 分只能 下可以定量描述 ( 如序 列相 同的蛋白质 间的 RMS 值 ) 外，绝大部 分只能 定性地展 示或描述。 定性地展 示或描述。 n 生物体 内各种化学反应的实质是 电相互作用过程。分子空间结构 决定 n 生物体 内各种化学反应的实质是 电相互作用过程。分子空间结构 决定 了分子的表面电子结构及 电势场，这正是结构 决定功能的根本原 因。 了分子的表面电子结构及 电势场，这正是结构 决定功能的根本原 因。 n 所以，从 表面电子结构及 电势场的角度来比较 分子的空间结构 ，比常 n 所以，从 表面电子结构及 电势场 的角度来比较 分子的空间结构 ，比常 用的基于原子坐标的空间结构比较方法更能反应事物的本质 ，也更具 用的基于原子坐标的空间结构比较方法更能反应事物的本质 ，也更具 普适性。 普适性。 n 问题 － 分子A 、B ，确定分子之间相似性 n 问题 － 分子 A 、 B ， 确定分子之间相似性 • Carbo et 引入了相似性指标 •  Carbo et 引入了相似性指标 uur Ú r A (r)r B (r) dr  S AB  R (X ) = 1 1 = 1 1  AB  È ˘ 2 È ˘ 2 2 2  r (r)r (r)dr