人工鱼群算法在基因调控网络中的应用研究.PDFVIP

第40卷　 第10期 　 计 算 机 工 程 2014年10月 　 　 Vol.40　 No.10 　 Computer Engineering October 2014 ·人工智能及识别技术 · 文章编号:1000-3428(2014)10-0204-06　 　 　 文献标识码:A　 　 　 中图分类号:TP18 人工鱼群算法在基因调控网络中的应用研究 田旺兰,李加升 (湖南城市学院通信与电子工程学院,湖南 益阳413000) 摘　 要:在分析基因调控网络现状及优缺点的基础上,提出利用人工鱼群算法对阈值布尔网络模型构建下的基因 调控网络进行研究。 将阈值布尔网络模型应用于花发育形态模型,构建基于预定义吸引子和极限环的综合网络。 比较人工鱼群算法与模拟退火算法在基因调控网络中的应用情况,分析网络节点更新机制变化时布尔网络保留吸 引子的能力,发现在极限环长度为2 和特定网络拓扑下网络才具有鲁棒性。 实验结果表明,与模拟退火算法相比, 人工鱼群算法在网络发现、鲁棒性方面具有更好的性能,因此利用人工鱼群算法学习布尔网络结构是有效可行的。 关键词:人工鱼群算法;模拟退火算法;布尔网络;吸引子;极限环;花发育形态模型 中文引用格式:田旺兰,李加升． 人工鱼群算法在基因调控网络中的应用研究[J].计算机工程,2014,40(10):204-209. 英文引用格式:Tian Wanglan,Li Jiasheng. Research on Application of Artificial Fish Swarm Algorithm in Gene Regulatory Network[J].Computer Engineering,2014,40(10):204-209. Research on Application of Artificial Fish Swarm Algorithm in Gene Regulatory Network TIAN Wang-lan,LI Jia-sheng (College of Communication and Electronic Engineering,Hunan City University,Yiyang413000,China) 【Abstract】 Based on the analysis of the advantages and disadvantages of the current appliance of swarm intelligence algorithm into Gene Regulatory Network(GRN),this paper studies the gene regulatory network constructed under Boolean network model using Artificial Fish Swarm Algorithm(AFSA). Especially,the comprehensive network of predefinedattractorsandlimitcycleisformulatedbyapplyingBooleannetworkmodelintoflowergrowthmorphogenesis. After comparingAFSAwith SimulatedAnnealing(SA)andanalyzingtheabilityofthenetworkstopreservetheattractors when the updating schemesis changed from parallel to sequential,the paper finds the network has robustne