可满足性问题生物砖翻转细胞计算模型-计算机学报.PDF

第卷第期 计 算 机 学 报 ３６ １２ 　 　　　　　　　　 Ｖｏｌ．３６Ｎｏ．１２ 年月 ２０１３１２ ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＣＯＭＰＵＴＥＲＳ Ｄｅｃ．２０１３ 　 可满足性问题生物砖翻转细胞计算模型 陈梅陈向群张路许进 　　 　　　　 （北京大学信息科学技术学院高可信软件技术教育部重点实验室北京 ） １００８７１ 　 　 摘要细胞内丰富的信息处理机制和细胞计算的巨并行性一直吸引着科学家构建细胞计算机科学家利用细胞 ． 　　 内的信息处理机制开发了不少模仿简单电子器件功能的细胞计算部件，如细胞布尔逻辑门、细胞记忆单元等，但这 些部件没有充分利用细胞计算的巨并行性特点 重组酶 能催化 片段的翻转反应，通过切换 片 ．ＤＮＡ Ｈｉｎ ＤＮＡ ＤＮＡ 段的方向来调控基因的表达该文利用 重组酶 的这一性质，以合成生物学中广泛使用的生物砖为材料， ． ＤＮＡ Ｈｉｎ 以大肠杆菌 为宿主细胞，以 重组酶 为计算工具，构建了一个解决可满足性问题的细胞计 犈狊犮犺犲狉犻犮犺犻犪犮狅犾犻 ＤＮＡ Ｈｉｎ ， ， 算模型该模型中每个细胞可独立地生成并判定可满足性问题的一个解数以亿计的细胞可检查数以亿计的可能 ． 解该模型充分利用细胞计算的巨并行性，显示了细胞计算的巨大潜力 ． ． 关键词生物砖； 重组酶 ；基因调控；可满足性问题；细胞计算 ＤＮＡ Ｈｉｎ 　 中图法分类号 号 ／ ＴＰ３０１ 犇犗犐 １０．３７２４ＳＰ．Ｊ．１０１６．２０１３．０２５３７ 　　　 　 犃犅犻狅犫狉犻犮犽犐狀狏犲狉狊犻狅狀犆犲犾犾狌犾犪狉犆狅犿狌狋犻狀犕狅犱犲犾犳狅狉犛犪狋犻狊犳犻犪犫犻犾犻狋犘狉狅犫犾犲犿 狆犵 狔 ＣＨＥＮＭｅｉＣＨＥＮＸｉａｎＱｕｎＺＨＡＮＧＬｕＸｕＪｉｎ 　 ｇ 　 　 （ ， 犓犲犔犪犫狅狉犪狋狅狉狅犎犻犺犆狅狀犻犱犲狀犮犲犛狅狋狑犪狉犲犜犲犮犺狀狅犾狅犻犲狊狅犕犻狀犻狊狋狉狅犈犱狌犮犪狋犻狅狀 狔 狔犳犵 犳 犳 犵犳 狔犳 ， ， ） 犛犮犺狅狅犾狅犈犾犲犮狋狉狅狀犻犮狊犈狀犻狀犲犲狉犻狀犪狀犱犆狅犿狌狋犲狉犛犮