PAUP快速使用手册.doc

PAUP?4.0的中文快速使用手册（Quick?Start?Tutorial）下面的指南手册对PAUP4.O 的基本用法提供了一个非常简洁的概述。这个指南将通过分析例子数据文件中的一个例子来一步一步教会你. 这个例子可以在你提供给你的盘里,也可以在/data/primate-mtDNA-interleaved.nex 上下载.这个指南为那些以前没有用过PAUP的人设计,如果你已经很熟悉PAUP,那么你可以跳过这个指南,我们假定用户已对系统发育术语和特别的计算机操作系统很熟悉.如对DOS 和Unix用户而言,我们已在你的路径上设定了PAUP二进位,只要键入命令”paup”便会运行PAUP程序.只要你用PAUP4.0 越来越多,你就会发现对下面操作的描述又很多替代方案.显而易见的原因是:我们不可能在这个指南中描述所有的可能操作.但是,只要你的时间允许,我们还是鼓励你去开发其他的菜单和命令行选项.目前有PAUP4.0 的好几个版本,这些版本分别适合Macintosh,Windows 和Portable的这三个界面,Macintosh 界面允许你执行菜单命令和命令行,而在Windows 和Portable界面(DOS 和Unix)界面几乎完全由命令行驱动,很多菜单功能在WINDOWS 界面有,而这些大部分包括归档和编辑操作,这个指南将用菜单选项和命令行语法来展示在不同环境下PAUP 可能的运行情况.为了排版和印刷上的方便,这个指南全篇采用了以下几点.第一,菜单,菜单选项和对话框或屏幕任何位置上的选项均用黑体San serif 字体,如,文本File Open 意思是选择主菜单”File”再选择”File”菜单下的”Open”选项.第二,用户想在命令提示行或在对话框中键入的文本用无格式的固定了宽度的字体表示,如,指令”输入: weights 2:1stpos 表示只要出现” 输入:,都应当确切的键入它出现的.最后,界面特别的说明已分开列出并表述,但是所有其他的文本适合所有PAUP 界面. 开始PAUP1 检查数据文件Mac 和 Windows. 双击PAUP 应用图标.当第一次启动时,PAUP 将自动登陆到打开对话框. 选择”Sample NEXUS dat”文件夹中的 ”primate-mtDNA-interleaved.nex”的文件.. 通过单击Edit 来改变原来的Execute 起始模式为Edit(编辑)模式,这样来打开PAUP*的编辑器.Portable .改变路径到Sample-NEXUS-files ,它包含在PAUP 文档中选择你最喜欢的文档编辑器(如 vi 或emacs)来打开文件名为primate-mtDNA-interleaved.nex 的例子文件..在这个编辑器里,通过例子文件来滚动.要注意这个文件被单词”begin”和”end”划分为多个文本区, begin后面的单词定义区型.在这个例子里,有以下几个区型:分类,元素,假设,和paup.但是,有很多其他的NEXUS 区型.实际上,一个NEXUS 格式的优点是应用程序对那些他们不能识别的区能够简单的跳过去.可以看Maddison 等(1997)的文章来了解关于NEXUS 格式更详细的讨论. 2 执行数据文件关闭例子文件并按以下操作:Mac 和Windows. 选择 File Execute primate-mtDNA-interleaved.nexPortable. 在系统提示行输入paup. PAUP*将显示该程序的一般信息并在paup提示行显示光标.. 输入: execute primate-mtDNA-interleaved.nex;在执行这个例子文件后,PAUP 将显示关于这个数据的评论和一般信息.如,显示关于这个数据矩阵的维数和数据类型等等的部分,接着是显示这个数据设置的来源. 到这里,还没有进行数据分析;PAUP 只是简单的处理了这个数据,并等待执行下一步的命令.记录日志结果通常,你想要在硬盘上记录PAUP 分析的结果,这样使得你有你分析的结果的记录. 1 开始日志记录Mac 和 Windows .选择File Log Output to Disk...Mac .在Log subsequent output to: 下输入practice.log ,单击Start SavingWindows . 在Filename: 下输入practice.log 单击StartPortable . 输入:log start file=practice.log;2 停止记录在PAUP 决议的任何时候都可以开始和停止日志记录. 如果要停止日志记录,按以下操作:Mac . 选择File L