蛋白质分析相关数据库及网站.docx

表1　蛋白质相互作用分析相关数据库及网站网站资源类型网址DIP?蛋白质相互作用INTERACT?蛋白质相互作用http://bioinf.man.ac.uk/interactpr.htmProNet?蛋白质相互作用/MIPS?蛋白质相互作用http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/tables/interactoin/index.htmProteome?蛋白质相互作用Bind?蛋白质相互作用String?基因共定位http://www.bork.embl-heidelberg.de/string/CoGs?种系发生谱/CoG/蛋白质序列分析和结构预测 【实验目的】 　1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 　2、熟悉蛋白质基本性质分析； 　3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 　4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】 　1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列； 　2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析； 　3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析； 　4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析； 　5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。【实验方法】?人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http://www.ncbi.nlm. /Entrez）； （2）在Search后的选择栏中选择protein； （3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin； （4）点击go后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene?transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息； （6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；?2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 　打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino? Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；?或者选择protein后，点击Kyte Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；?3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： 　（1）进入NCBI/Blast网页； 　（2）选择Protein-protein BLAST （blastp）； 　（3）将FASTA格式序列贴入输入栏； 　（4）点击BLAST； 　（5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析： 　（1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页； 　（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；? 　（3）点击Scan； 　（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： 　（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址http://www. embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html （The? PredictProtein Server）； 　（2）在You can栏点击default； 　（3）填写email地址和序列名称； 　（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit； 　（5）从email信箱查看分析结果；?6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： 　（1）进入/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach?Mode）网页； 　（2）填写email地址、姓名和序列名称； 　（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； 　（4）点击Send Request； 　（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。【作业】 　1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果； 　2、相互对比结果，说明产生不同结果的原