运用物理学研究初级蛋白质的折叠问题.pdfVIP

第34卷 第2期 高 师 理 科 学 刊 Vo1．34 No．2 2014焦 3月 JournalofScienceofTeachers’CollegeandUniversity Mar． 2014 文章编号：1007—9831(2014)02—0068—03 运用物理学研究初级蛋 白质的折叠问题 张静 (黑龙江工业学院 电气与信息工程系，黑龙江 鸡西 158100) 摘要：运用物理中的刚体模型对 9个丙氨酸饱和多肽链的分子结构定义成 21个刚体进行刚体动力 学模拟，与它的全原子模型结构的全原子模拟进行对比．通过对模拟轨迹的分析，刚体模型的模 拟结果得到了快速稳定的 螺旋结构，其结果要总体优于全原子模拟．由物理学中刚体模型的应 用，加速 了对蛋 白质折叠的研究，由此可以看 出，物理学可以推广至更多学科的研究之 中． 关键词：物理学；刚体模型；生命科学；丙氨酸饱和多肽链 中图分类号：Q67 文献标识码 ：A doi：10．3969j／．issn．1007—9831．2014．02．019 Studyofthefoldingproblem intheprimaryproteinbyappliedphysics ZHANGJing (DepartmentofElectricalandInformationEngineering，HeilongjiangUniversityofTechnology，Jixi158100，China) Abstract：Themolecularstructureofsaturatedpoly-alaninecanberedefinedasrigidmodelwithrigidbodydynamics simulation．Rigidbodydynamicssimulationresultscomparedwithall—atom simulation，theresultsshow thatrigid bodymodelofthesimulationresultsobtainedfastandstablehelicalsturcture．ItSshow abettersimulationofthe former．Bytheapplicationofrigidbodymodelphysics，acceleratethestudyofproteinfolding，thusitcanbeseenthat thestudyofphysicscanbeextendedtomoresubjects． Keywords：physics；rigidmodel；lifesciences；poly—alaninesaturatedpolypeptidechain 20世纪，物理学迅猛发展，极大地影响了自然科学的各方面，对其它领域的发展有很大的带动作用…．在 众多学科中，科学家们普遍认为地质科学和天文学是与物理学联系最紧密的两个领域，而用物理学来研究 生命科学则被认为是比较难办的．一方面，生物学家长期以来一直局限于学科本身．另一方面，生命现象 本身就很复杂，很少有人用物理学原理试图探讨生命现象 ．其实，在历史的发展过程中早就显示了物理 学与生物学之间的关系，其中最为突出的发展是用x射线衍射理论对生物大分子进行结构分析，这一重大 突破把物理学带进了生命科学研究的新时代． 1 刚体动力学对研究蛋 白质折叠的意义 分子生物学研究主要指生物大分子结构的研究，既蛋 白质与核酸的结构与功能的研究 ，其中蛋白质是 与生命及各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质，氨基酸是蛋白质的基本组成单位．为了从分子水平 上了解蛋 白质的作用机制，常常需要测定蛋 白质的j维结构．回顾生物大分子空间结构的研究历史 ，以往 所采用的广泛方法是用实验方法，如x射线衍射，各种光谱、波谱等．但是由于实验技术或者实验原理的 限制，这些方法在时间分辨本领上，通常在毫秒量级，最多也只能达到微秒量级，而这一时间标度对应的 是蛋白质较大的局域运动，对于更为详细的作用过程和作用机制，实验方法却缺乏足够的 “观察”能力．而 收稿 日期：2013-09—18