萝卜EST—SSR反应体系的建立与优化.pdfVIP

山东 农 业 科 学 2011，10：1—3，7 ShandongAgriculturalSciences 萝 bEST—SSR反应体系的建立与优化 韩晓雨 ，王淑芬 “，魏佑营 ，刘贤娴 ，付卫民 (1．山东农业大学园艺科学与工程学院，山东 泰安 271018； 2．山东省农业科学院蔬菜研究所／山东省设施蔬菜生物学重点实验室／ 国家蔬菜改良中心山东分中心，山东 济南 250100) 摘 要：利用正交设计 L1(4)对萝 卜SSR—PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2、模板 DNA、dNTP、引 物)在4个水平上进行优化，获得了最佳反应体系，即20 反应体系中含有0．10mmol／LdNTP，3．0mmol／L Mgz ，50ng模板 ，0．500~xmol／L引物，1．0UTaq酶。使用优化的反应体系，扩增条带清晰，可满足不同引物 组合和萝 卜材料的要求。此研究为今后利用SSR技术对萝 卜种质资源进行分类、构建遗传图谱和基因定位 奠定了基础。 关键词 ：萝 卜；EST—SSR；正交设计；体系优化 ；分子标记 中图分类号 ：Q503 文献标识号：A 文章编号：1001—4942(2011)10—0001—04 EstablishmentandOptimizationofEST—SSR System forRamsh HAN Xiao—yu ，WANG Shu—fen ，WEIYou—ying ，LIU Xian—xian ，FU Wei—min ‘ (1．CollegeofHorticulturalScienceandEngineering，ShandongAgriculturalUniversity，Taian271018，China； 2．InstituteofVegetables，ShandongAcademyofAgriculturalSciences，Jinan250100，China) AbstractTheorthogonaldesignL16(4)wasusedtooptimizetheEST—SSRsystemforradishatfour levelsoffivefactors(dNTP，primer，Mg“，TaqDNApolymeraseandtemplateDNA)．The20Ixloptimal SSR—PCRreactionsystem included0．10mmol／LdNTP，3．0mmol／LMg“，50ngtemplateDNA，0．500 I~moL／L primerand1．0U TaqDNA polymerase．Withtheoptimalsystem，theobtainedbandswereclearand couldmeettherequirementsofdifferentprimercombinationsandradishmaterials．Thisstudyprovidedbasis ofrtheanalysisofdiversity，geneticmap constructionandgenelocalizationofradishgermplasm resourcesby SSR technique． Keywords Radish(RaphanussativusL．)；EST—SSR；Orthogonaldesign；Systemoptimization；Mo· lecularmarker EST—SSR表达序列标签微卫星，是基于 EST 于萝 卜生物技术方面研究较少，SSR标记在萝 卜 简单重复序列设计的一种新型分子标记，解决了 上的应用国内尚未见报道，许多重要性状没能得 基因组SSR开发过程中需要构建基因组 DNA文 到有效开发。本试验拟对影响萝 卜SSR扩增反 库步骤繁琐等问题，已广泛应用于植物遗传图谱 应的因素进行研究，以确立最佳反应体系，旨在为 的构建、遗传多样性的评价、比较作图、亲缘关系 SSR标记萝 卜重要性