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書面報告講稿內容 育慶 生物資訊學結合了屬於資訊科學/應用數學方面的專業，包括 (1) 演算法 (2) 圖像及訊號處理 (3) 電腦架構及資料庫管理 (4) 電腦語言 (5) 程式設計 (6) 人工智慧及訊息理論 (7)設計與模擬作業 (8)數值分析 (9) 統計學 (10) 軟體工程及自動化等多重領域。同時，生物資訊亦需具備生物、物理、化學方面的專業，包括 : (1) 分子生物學 (2) 生物化學 (3) 遺傳學 (4)物理化學 (5) 結構生物學 (6) 演化生物學 (7) 核磁共振學 (8) 基因體學 (9) 蛋白體學 (10)計算物理學等領域。生物資訊學結合以上多種專業領域，誠然是跨領域的現代科技學門。在共同的興趣及目標驅使下，各領域的專家學者各跨出一大步，交織成互相重疊的合作網路，使得複雜的生物資訊問題得以迎刃而解。 生物資訊學是探討有關生物資訊的學問，主要是源自於電腦在分子生物科學之應用，於1980年代中期開始漸漸成形。事實上，生物資訊學之發展與分子生物科學及網路科技是密不可分同步進行的。自1970年代基因重組技術問世後，開始了現代分子生物科學的蓬勃發展。到1980年代陸續成功之生物科技產業，更為人類帶來了莫大的福祉與震憾。1990年代開始之人類基因體計劃，則將生命科學推向更廣的角度，並產生了大量的DNA序列資訊。有鑒於生物科技快速發展所累積之大量資訊需要解析，美國國家衛生院NIH於1982年建立了GenBank，初期由Los Alamos National Lab運作，1987年轉由IntelliGenetics經營。NIH亦於1984-1989委託IntelliGenetics成立Bionet，將生物資訊網路化。然而直到1988年建立了NCBI (National Center for Biotechnology Information)，才得以更穩健的推展生物資訊。在同一時期，網際網路亦平行發展起來。自1972年因軍事需求建立了ARPAnet (由國防現代化計畫推動)。1979年進一步發展成用於新聞傳播之USEnet。經過1982年之TCP/IP及1987年之NSFnet等原為科學用之網路系統，漸漸發展成為如今更為普及且快速之WWW網路系統。可以說，生物資訊學是乘著分子生物科學及網際網路這兩個強有力的翅膀而起飛的。若是捨去其中之一，生物資訊學都不會像今天這般熱門且後勁十足。 其中值得注意的是，除了生物資訊原始數據之取得以外，生物資料庫如何建立，搜尋與分析方法的設計原理等，均為資訊科學之專業領域，但其目的在於快速解析生物學上複雜的種種問題。 生物資訊的內容型態繁多，與其他資訊大不相同。生物資訊可略分為四類：(1) 有關生物之結構、形態、顏色等巨觀及微觀之資訊。這些傳統生物學之資訊對於生物分類 演化與欽緣關係之比較研究很有助益。這類資訊的發展亦促成了數位化標本館的實現，將許多不易維持的實體標本，以數位圖形資訊加以取代。(2) 生物遺傳物質DNA及基因體 (生物所具有之遺傳物質之總和，稱為基因體 genome) DNA序列及其特性的資訊。在序列資訊中，以基因註解及尋找致病基因最受重視。此外，基因splicing之模式，基因調控機制之結構，亦都是分子生物學的核心問題。(3) 生物大分子如蛋白質及碳水化合物結構與特性之資訊。蛋白質是扮演生命現象的要角，其結構與功能之解析一向是生物化學的重心。如何從序列資訊預測蛋白之二級結構，motif及domain，甚至3D結構，都期望能由生物資訊軟體加以解析。(4)其他有關生物之生化、生理、遺傳、演化等之特性。其中生物的各種生化反應途徑(pathway)是生物化學的基礎。其比較分析則有助於基因解碼及比較基因體學之研究。基因之變異與各種疾病關係之研究，則為分子醫學及醫學檢驗的基礎與研究重點。事實上，現代生物資訊學所專注的生物資訊以DNA及蛋白質為主。其中，所有生物的遺傳資訊均以包含核酸分子ACGT之序列編碼，而蛋白質之資訊除了氨基酸之序列外，亦包含有3D之結構，已經不只是平面資訊，而是立體資訊了。 生物資訊學所應用之範圍相當地廣泛，包括 (1) 數據取得及處理 (2) 基因定位 (3) 基因體圖譜及比較 (4) 分子模型構築及模擬 (5) DNA及蛋白質序列及結構比較 (6) 大分子結構預測及藥物設計 (7) 分子演化等領域。目前快速進展之人類基因體計劃是生物資訊快速累積的主因。大量的DNA序列需經過contig組合分析才能定案，接下來的基因定位/功能研判需利用精準有效的排序比較分析方能完成 例如：想瞭解同一種蛋白質， 在不同物種間其胺基酸相似程度， 同時想知 道它們之間關係?那麼我們可以進行多重序列的排列(multiple sequence alignme