基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别_英文_.docVIP

ISSN 1673-9418 CODEN JKYTA8 Journal of Frontiers of Computer Science and Technology 1673-9418/2009/03（03）-0293-10 DOI：10.3778/j.issn.1673-9418.2009.03.007 E-mail： HYPERLINK mailto:fcst@ fcst@ http： HYPERLINK / // Tel：+86-10Identification of Interface Residues Involved in Protein-protein In－ teractions Using Na觙ve Bayes Classifier* WANG Chishe1，2+，CHENG Jiaxing1，SU Shoubao1，XU Dongzhe3 1. Key Laboratory of Intelligent Computing and Signal Processing，Ministry of Education，Anhui University，Hefei 230039，China 2. Department of Computer Science and Technology，Chaohu College，Chaohu，Anhui 238000，China 3. Department of Modern Mechanics，University of Science and Technology of China，Hefei 230026，China + Corresponding author：E-mail： HYPERLINK mailto:wyxcs@163.com wyxcs@163.com 基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别 * 王池社 1，2+，程家兴 1，苏守宝 1，徐栋哲 3 1. 安徽大学 计算智能与信号处理教育部重点实验室，合肥 230039 巢湖学院 计算机科学与技术系，安徽 巢湖 2. 238000 3. 中国科技大学 近代力学系，合肥 230026 摘 要：蛋白质相互作用中界面残基的识别在药物设计与生物体的新陈代谢等方面有着广泛应用。基于朴素 贝叶斯分类器对属性条件独立性的要求，构建了由蛋白质序列谱和溶剂可及表面积组成的蛋白质相互作用特 征模型。在一个具有代表性的蛋白质异源复合物组成的数据集中取得了 68.1%的准确率、0.201 的相关系数、 40.2%的特异度和 49.9%的灵敏度，取得了比其他方法更优的结果，且远优于随机的实验结果。通过一个三维可 视化的结果更好地验证了方法的有效性。 关键词：朴素贝叶斯分类器；蛋白质相互作用界面；序列谱；残基溶剂可及表面积 文献标识码：A 中图分类号：TP39 WANG Chishe，CHENG Jiaxing，SU Shoubao，et al. Identification of interface residues involved in * The Projects of Provincial Natural Scientific Fund from the Bureau of Education of Anhui Province No.KJ2007B066 ，KJ2007A087 （安徽省高校省级自然科学研究项目）；the Science and Research Fund from the Bureau of Anhui Province for Young Teachers No.2007jql140（安徽省高校青年教师科研资助计划）. Received 2008-11，Accepted 2009-01. protein-protein interactions using na觙ve Bayes classifier. Journal of Frontiers of Computer Science and Technology，2009，3（3）：293-302. Abstract：The identification of interface residues involved in protein-protein interactions（PPIs）has broad applica－ tion in rational drug design and metabolic etc. A na觙ve Bayes classifier for PPIs prediction with features