最简单的粗粒化教程.docx

在VMD中操作用vmd生成一个双层膜系统。载入蛋白质pdb文件。调整好pdb和膜（不要移动膜）的相对位置。保存调整后的pdb和膜的坐标（如果用charmm-gui可以不保存脂质膜的坐标，如果想最后合并该膜和蛋白质都需要保存，合并为一个整体的教程地址详看/blog/index.php/home/index/read.html?id=161）。重复步骤3和4插入多个pdb到脂质双层中并保存对应的pdb坐标。生成PSF文件。将调整好位置的pdb文件用vmd里面的psf插件进行处理，对每个调整后的pdb都进行一次psf处理，会分别生成一个psf格式的pdb文件，这个文件是charmm支持的，也是下一步合并需要的。合并多个pdb文件。用vmd里面的合并插件分别将上面调整好位置的psf格式的pdb合并，合并两个pdb需要4个文件（比如1_autopsf.pdb 、1_autopsf.psf、 2_autopsf.pdb、 2_autopsf.psf ），每次合成会按自己设置的输出名字生成两个文件（比如12.pdb和12.psf），然后再将12.pdb进行psf处理（不处理直接合成的话只能一次），所以每次合成后重新生成一次psf就没有问题了。将最后合并的pdb文件再生成一次psf就可以到charmm-gui进行参数设置了。（如果是组合了该膜和蛋白质的就要自己设置mdp和生产top文件，需要下载对应的itp文件和设置mdp参数，此步我跳过，我直接用charmm-gui更容易成功，选择了最简单命令最小的方法进行）CHARMM-GUI操作首先将用VMD处理后的PDB文件上传到CHARMM-GUI的Martin （/?doc=input/mbilayer）双层膜系统上面并选择martin22力场和PDB类型为charmm。然后点击下一步，就会提交上传。下一步系统会识别PBD的内容，默认选择了里面的protein，选择默认的就可以了，如果有其他也可以手动选择。下一步是选择是否带电等设置，默认是带电的，让其默认即可：下一步是调整PDB里面protein的位置，因为我们用VMD调整了，所以按照PDB的方向即可，或者按照自己需要调整距离（我这里沿着Z轴移105刚好在中间，因为之前设置在双层外面的，如果已经用VMD调整在双层里面则不需要设置，默认即可）：下一步设置 水层厚度、脂质类型数量等（我这里选择35A的水层厚度，选择DPPC脂质，上下两层分别512个脂质分子）：下一步是显示了前面设置是信息，以及需要选择给体系添加的离子类型和数量。默认我选择0.15M的NaCl作为离子。膜已经生成了，可以在线查看结构（每一步都可以看相应结果）。下一步生成离子和水盒子：生成离子和盒子后“下一步”将它们和前面的组合起来下一步后会显示前面步骤设置的参数和选择NPT的温度，我这里选择默认303.15K：最后一步（step6）是生成相应的平衡和生产参数mdp文件：可以在线查看step5的组合体：然后可以下载charmm-gui这个文件进行mdp修改（主要修改模拟步数，默认是1500000（30ns））,然后在linux的gromacs（5.x以上）下模拟，也可以用NAMD模拟。在gromacs下模拟：1.修改README文件（这是一个自动模拟的脚本），修改内容如下，也可以不修改，修改后可以直观看到什么时候完成相应的步骤，-pnum是为了产生cpt文件，可以在某些问题导致中断后续跑用：#!/bin/shgmx grompp -f step6.0_equilibration.mdp -o step6.0_equilibration.tpr -c step5_assembly.box.pdb -p system.top -n index.ndxgmx mdrun -deffnm step6.0_equilibration -vfor i in 1 2 3 4 5 6do let j=$i-1 gmx grompp -f step6.${i}_equilibration.mdp -o step6.${i}_equilibration.tpr -c step6.${j}_equilibration.gro -p system.top -n index.ndx gmx mdrun -deffnm step6.${i}_equilibration -vdonegmx grompp -f step7_production.mdp -o step7_production.tpr -c step6.6_equilibration.gro -p system.top -n index.ndxgmx mdrun -deffnm step7_production -cpnum –v2.修改step7_pr