原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的ctcf结合位点分析-遗传.pdfVIP

Hereditas (Beijing) 2016 年4 月, 38(4): 323 ―336 研究报告 原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF 结合位点 分析 翟亚男，许泉，郭亚，吴强 上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心，系统生物医学教育部重点实验室，上海200240 摘要:哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin, Pcdh)基因簇包含 50 多个串联排列的基因，这些基因形成3 个紧 密相连的基因簇(Pcdh α、Pcdhβ和Pcdhγ) ，所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细 胞特异性(Single cell identity) 以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子 CTCF(CCCTC-binding factor) 与CTCF 结合位点(CTCF-binding site, CBS) 的方向性结合能够决定增强子和启动 子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性，并进一步在Pcdh 基因座(Locus)形成两个(Pcdh α和Pcdhγ)染色 质拓扑结构域(CTCF/cohesin- mediated chromatin domain, CCD) ，而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控 至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列，发现Pcdhβγ染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I 超敏位点(DNase I hypersensitive sites, HSs) 较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin im- munoprecipitation and massive parallel sequencing, ChIP-Seq)揭示CBS 位点在Pcdhβγ调控区域中成簇分布并且具 有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay, EMSA)确定 Pcdhβγ调控区域内具体的 42 bp CBS 位点并且发现一个CTCF 峰包含两个CBS 位点。在全基因组范围内，运用计算生物学方法分析 CTCF 和增强子、启动子等调控元件的关系，发现 CBS 位点在调控元件附近有较多分布，推测 CTCF 通过介导增强 子和启动子的特异性交互作用，在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。 关键词:原钙粘蛋白基因簇；转录因子CTCF；CTCF 结合位点；染色质拓扑结构域CCD；基因表达调控 Characterization of a cluster of CTCF-binding sites in a proto- cadherin regulatory region Yanan Zhai, Quan Xu, Ya Guo, Qiang Wu Key laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Center for Comparative Biomedicine, Institute of Systems Bio- medicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China Abstract: The mammalian clustered protocadherin (Pcdh) locus contains more than 50 highly-similar genes ar- rayed in tandem. These Pcdh genes are organized into three closely-linked clusters (Pcdh α, Pcdhβ, and Pcdhγ). The encoded PCDH proteins play critical roles in neuronal diversity, single cell identity, and synaptic connectivity. Recent 收稿日期: 2016−0 1−21 ; 修回日期: 2016−03−01 基金项目: 国家自然科学基金项目(编号资助[Supported by the National Na