5-第六章-种群遗传学（一）.pptxVIP

分子生态学 第六章 种群遗传学（1） ——遗传多样性及其影响因素;种群（population）：也称作群体或孟德尔群体，指在一定时间内占据一定空间的同种个体的集合。 种群中的个体彼此可以交配，将各自的基因传给后代。 种群中所有个体的全部基因称为基因库(gene pool)。 种群是物种存在和生物进化的基本单位。;孟德尔（1822-1884） 遗传学的奠基人 发现了遗传学三大基本规律中的两个;种群遗传学（Population Genetics）：研究种群遗传结构及变化规律的遗传学分支学科 遗传结构：遗传变异在种群内和种群间的分布 以种群为基本研究单位，以等位基因频率和基因型频率描述种群遗传结构，阐明生物进化的遗传学机制;;;哈迪-温伯格定律：在理想状态下，种群中的等位基因频率和基因型频率在世代传递中保持不变 种群足够大 随机交配 没有突变产生 没有迁移 没有自然选择;哈迪-温伯格方程式 假设一个位点上存在2种等位基因A和a 等位基因频率 A的频率：p a的频率：q 总的频率：p(A) + q(a) = 1;;;如何判断一个种群是否处于遗传平衡状态？;等位基因总数： 1612 × 2 = 3224 A的数量：2938 + 138 = 3076 a的数量：138 + 10 = 148 等位基因频率： A的频率：p = 3076/3224 = 0.954 a的频率：q = 148/3224 = 0.046;当种群处于平衡时，基因型频率： AA的频率：p2 = 0.9542 = 0.9101 Aa的频率：2pq = 2×0.954×0.046 = 0.0878 aa的频率：q2 = 0.0462 = 0.002 根据频率得到 AA的个体数量： 0.9101×1612 = 1467 Aa的个体数量： 0.0878×1612 = 142 aa的个体数量： 0.002×1612 = 3;真实值和理论值之间是否存在显著性差异？ 卡平方检验(χ2，chi-square test);在一个大群体内，不论起始基因频率和基因型频率如何，只要经过一代的随机交配，群体就能达到平衡。;遗传多样性（genetic diversity）;遗传多样性研究的意义;遗传多样性的产生机制;非同源染色体的自由组合3对同源染色体形成8（2×2×2）种不同的配子;遗传多样性的度量;多态性（polymorphism），通常用P表示：多态性位点（具有2个及两个以上等位基因）比率 假设10个位点中，6个具有多态性，4个单态（只有1个等位基因） P = 6/10 = 0.6 适用于低变异的分子标记，如等位酶 不适用于高变异的分子标记，如微卫星;杂合度（heterozygosity），通常用H表示：对于单个位点，杂合度就是该位点杂合子的频率；对于多个位点，杂合度指每个位点杂合子频率的平均值 观测杂合度Ho：从实际数据观测到的杂合度 期望杂合度He：当种群处于平衡时，理论上应该得到的杂合子频率;= 1– ( ——————— )2–( ——————— )2 ;基因多样性（gene diversity），通常用h表示：指在种群中随机抽取的两个等位基因，其不相同时的概率。其公式表示如下：;核苷酸多样性（nucleotide diversity），通常用π表示：指的是在种群中随机抽取的两条同源序列，其相同时的概率。其公式表示如下：;同一种群遗传多样性高低与选择的分子标记有关 进化速率快的分子标记遗传多样性高于进化速率慢的分子标记 例：普通鲤鱼(Cyprinus carpio)欧洲种群 (Kohlmann et al., 2003) 22 allozyme loci： Ho=0.066, He=0.062，A=1.232 4 SSR loci： Ho=0.788, He=0.764，A=5.75 mtDNA: π=0;遗传多样性的影响因素;突变（Mutation）;遗传漂变（genetic drift）;遗传漂变导致等位基因的随机固定或丢失，降低种群的遗传多样性 固定（fixation）：指一种等位基因在种群中频率达到1 遗传漂变的速度与种群大小成反比 种群越大，遗传漂变作用越小 种群越小，遗传漂变速度越快，甚至短短几代就能造成某个等位基因的固定或消失;统计种群大小census population size (Nc)：种群中所有个体的数量 有效种群大小effective population size (Ne)：种群中能将其基因连续传递到下一代的个体数量 Ne Nc;影响有效种群大小的因素 性别比率（Sex ratios） ;个体之间繁殖成功率的差异 （Variation in reproductive success）;种群的数量波动（Fluctuating population si