水溶液分子对蛋白质电子结构等效势的理论计算研讨.pdfVIP

科学计算307 水溶液分子对蛋白质电子结构等效势 的理论计算研究 郑浩平王雪梅李春杰 (同济大学波耳固体物理研究所，上海200092) 【摘要】通过基于密度泛函理论的第一性原理、全电子、从头计算，构造了水溶液分子对半胱氨酸和赖氨 酸电子结构的等效势。计算结果显示，水分子对半胱氨酸电子结构的主要影响是使半胱氨酸各能级整体下 移了约0．032Ry，并使费密面上的能隙增大了16％；而水溶液分子对亲水赖氨酸电子结构的主要影响是使 各能级整体上移了约0．037Ry，并使费密面上的能隙增大了89％。简单的偶极子势可以模拟水溶液分子对 半胱氨酸和赖氨酸电子结构的影响。 关键词：半胱氨酸，赖氨酸，电子结构，水分子，自由团簇计算，团簇埋入自洽计算法 Abstract：The initio onthe functional first—principles，all。electron，abcalculations，baseddensity theory,have the for been toconstruct ofwatermolecules and performed equivalentpotentials cysteinelysine(Lys+)．Themajor effectofwatermoleculeson electronicstructureis the about0．032 cysteine’S loweringoccupiedeigenvalues Ry, and 16％．The effectofwatermoleculeson electronicstructureis broadeningenergygap major lysine’S raising the about0．037 89％．Theeffectofwatermoleculesonthe RY,and occupiedeigenvalues broadeningenergygap of and electronicstructures canbesimulated cysteinelysine by dipolespotential． cluster cluster- structure，Watermolecule，Free Keywords：Cysteine，Lysine，Electronic calculation embedding 1引言 能力。 CCE： “团簇埋入自洽计算法(S 人类对生命现象的认识已深入到了分子水 Self——Consistent 平。在分子层面上，生物医学已在疾病的起因和 防治、动植物品种的转基因改良、生物体基因序 理、从头算”方法11，2I。与传统计算法不同的是， 列测定等方面取得了极其辉煌的成就。 它解出的单电子波函数是局域化的一一每个单电 但从发展的观点看，人类对生命现象的认识