水溶液中有机化合物pKa值的从头计算研讨.pdfVIP

水溶液中有机化合物pK a 值的从头计算研究 1 * 2 陈虹 丁晓琴 1 *2 北京 93501部队, 北京药物化学研究所,102205,Email:dingxiaoqin2008@126.com 摘要 本文运用量子化学方法计算了水溶液中一些小分子醇、酚和含氮化合物的pKa值。 使用Hartree-Fock方法和6-31G(d,p)基组分别对分子和离子的构象进行了气相几何结构的优 化，采用了极化连续介质模型模拟溶质和溶剂分子间的相互作用，计算结果与实验值比较一 致，证明该方法和模型能够合理的计算或预测含有相同官能团的小分子的pKa数值，能够为研 究药物分子体系的构效关系提供精确的参数。 关键词 pKa PCM HF 溶剂化能 量子化学中的电子结构理论及其基于现代量子力学的计算方法, 已经成为研究许多科学 问题的强有力的工具,被应用于化学、生物化学、生物医药、制药学、大气科学、环境科学、 材料科学等诸多学科领域[1]。理论上，只要使用足够大的基组，在足够高的级别上考虑电子相 关效应，并适当地考虑相对论效应，人们就可以方便地对孤立分子体系进行高精度的理论计 算。然而，化学、物理学以及生物化学现象的实验反馈在很大程度上依赖于分子四周的溶剂 环境。在解释这些反应的机理时，无论是用量子化学的方法还是分子动力学的方法，取得可 靠的数据就需要考虑溶剂对分子的能量、结构和性质的影响[2-3]。如果不充分考虑溶剂的影响, 即使应用最高的量子化学计算级别，也不可能实现精确运算。发生在溶液中的质子转移反应 是一类很重要的化学反应，在化学领域中已经对此进行着广泛的研究[4]。对质子转移反应的气 相和液相讨论，能够得到分子中有关取代基作用和溶质和溶剂分子相互作用的信息。本文主 要是通过对一些小分子的醇、酚和含氮化合物的pKa的计算，找到一种合适的方法和基组，为 药物大分子的pKa的计算研究和预测提供参考。 1 计算方法 酸式离解常数pKa可用来检验分子在水溶液中解离出质子的能力。为了从理论计算三种有 机化合物分子在水溶液中的pKa，我们对其进行了量子化学研究，用从头计算中的 Hartree-Fock方法[5-6]和6-31G(d,p)基组分别对分子和离子的构象进行了气相几何结构的优 化，并在同一级别下通过解析的频率计算获得构象的零点振动能和Gibbs自由能的热力学校 正，同时确认所得到的构型为反应势能面上的极小值点；溶剂化能计算采用了Tomasi等人提 出的极化连续介质模型（Polarizable Continuum Model, PCM）[7-15]，这是一个经常用到的连 续溶剂化方法，近年来已经有很多的改进[16]。文中所有的计算工作均使用Gaussian3软件进行 计算。 首先对四种含氮化合物的 pKa 进行计算，它们的共轭酸属于 Brönsted酸，其在水溶液中 解离出质子的作用如下所示： 。 G + a A(aq) + AH (aq) + H(aq) ° ΔG pK a 值与该反应的标准吉布斯自由能变密切相关，pK a a ；为了得到pK a 值， 2.303RT 我们通过下面热力学循环（1）来进行计算。