bioinfnatics.第6讲生物医学文献检索.ppt

生物信息学;PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的基于Web的检索系统，通过NCBI平台提供基于Web的免费MEDLINE数据库检索服务，并提供部分免费的全文链接服务，此外还可以访问NCBI维护的完整的分子生物学数据库．1999年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面。; （PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。 PubMed的网址：/pubmed 就可以立刻进入PubMed的界面。 ;PubMed具有医学文献期刊收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文;;二、通过PubMed可检索到如下的信息 ;Pre-Medline;出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。;以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同;三、PubMed页面的结构 ;PubMed页面的结构;NCBI数据库;检索工具 Limits （限制功能） Preview（预览） History（检索史） Meshdatabase（主题词表） Details（明细栏）;1. Limits（限定检索）: 对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。 ;;Publication Types（出版物类型选择）：有8种类型 Languages（语种选择）：提供常用的7种语种 Gender（性别选择）：男性、女性 Human or Animal（人或动物实验选择） Subsets（子集）：8个子集 Dates（日期）;2、Advaneced Search(高级查询);使用Pubmed;Using PubMed（使用Pubmed）: PubMed Quick Start Guide-快速指南;PubMed Tools : Single Citation Matcher-引文匹配器 在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。 Batch Citation Matcher Clinical Queries-与临床相关的查询 （疗法，诊断，病因，预后等） Topic-Specific Queries-主题特异性查询;PubMed More Resources : MeSH Database-主题词数据库 Journal in NCBI Database-杂志数据库 Clinical Trials-临床试验;四、PubMed的基本检索功能;四、PubMed的基本检索功能（一）;四、PubMed的基本检索功能（一）;自动匹配转换;如：输入common cold vitamin c ，系统会将自动转换成 (“common cold”[MeSH Terms] OR respirtory tract infection [Text Word] and (“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c [Text Word])进行检索。文本词和主题词各检索一次，这种处理能使检索结果查全率高，但检索结果的相关性（精确）会下降;;查询结果显示于Search details;四、PubMed的基本检索功能（二）;;;四、PubMed的基本检索功能（三）;;四、PubMed的基本检索功能（四）;四、PubMed的基本检索功能（四）;强制将其作为一个词组进行检索 ;四、PubMed的基本检索功能（五）;无限截词检索;有限截词检索;四、PubMed的基本检索功能（六）;例：lung cancer AND smoke;五、 PubMed辅助检索工具（二）;五、 PubMed辅助检索工具;2. History: 检索式回顾、编辑检索式。 保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#4 AND #5 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的信息。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。;;五、 PubMed辅助检索工具;;六、特别检索服务;;1. Journal in NCBI Datebase ：期刊数据库;;;2. MeSH Datebase ：主题词数据库;主题词的层次和 副主题词;;3. Single/Batch Citation M