医学生物信息学_绪论-1.ppt

医学生物信息学与生物医学工程 Bioinformatics for medicine and Biomedical Engineering;课程介绍; 一、信息学基础; 常见的信息形式; 2) 图形与图像;;根据X线的吸收数据计算机画出的CT影像; ;记录的含有噪音的数字语音信号和除去噪音的信号;虚拟现实: ; ;辅助教育：;Digital Technology;数字化与数字信号处理(2);二维信号处理:;图像分割;直方图分析;人工智能、模式识别及信息融合(1);人工智能、模式识别及信息融合(2);模式识别： 利用人的知识库，通过数学模型让计算机识别一定的事务。 如：文字识别，指纹识别，语音识别，细胞记数，基因蛋白质序列、智能控制与信息处理等其它各种电脑自动分析系统。;信息融合：脑功能图与形态图形融合;Digital Technology;;; Bioinformatics;信息融 合与模 式识别 领域典 型应用;二、生物信??学产生的背景;绪论--生物信息学产生的背景;绪论--生物信息学产生的背景;绪论;信息量随计算机运算速度增长;3、生物信息的文献增长迅速;4、生物信息数据库涌现;绪论—概念与定义;绪论 —概念与定义;绪论—概念与定义;绪论 —广义生物信息学研究范畴;绪论 —广义生物信息学研究范畴;绪论 —现代生物信息学研究范畴;疾病层次的生物信息学 1.研究基因表达与调控机制 2.根据调控分子作用描述人类疾病诊断与治疗规律 研究目标: 基因组信息的复杂结构与遗传信息规律 解释生命遗传规律 关键: 解释生物体基因组序列的组织结构和信息结构;关键是读懂编码，破译功能;绪论 —现代医学生物信息学的主要组成;绪论 —医学生物信息学的研究路线;绪论 —生物信息学的研究内容;绪论 —生物信息学的研究内容;结构与功能预测软件示例;绪论一生物信息学的研究内容;绪论一生物信息学的研究内容;绪论一生物信息学的研究内容;绪论一生物信息学的研究内容;绪论一生物信息学的研究内容;绪论一生物信息学的研究内容;绪论---生物信息学的技术方法研究;测序相关基础知识;测序相关知识;本世纪60年代和70年代，科学家们一直致力于研究测定核酸序列的方法。最初使用的方法只能测定核糖核酸(RNA)，主要是转移核糖核酸(tRNA)。tRNA分子的序列比较容易测定，因为它的链较短，通常只有74-95个核甘酸(nucleotide)，有可能分离单个tRNA分子。 脱氧核糖核酸(DNA)的情况不同。人染色体DNA分子约含5千5百万到2亿5千万个碱基对(basepairs，简称bp)，远远大于RNA分子。 测定一个染色体DNA分子的全部核苷酸序列是一项艰巨的工作。即使可以将其分割成较小的片段，如何纯化也是一个问题。一次实验中可以测定的最长片段约为500bp。由此，要测定人类染色体DNA分子的全序列，就得将其分割成50万个片段。如何把某个片段从这50万个片段中分离出来，成了DNA测序问题的关键。 　　此外，基因克隆(gene cloning)和多聚酶链反应(polymerase chain reaction，简称PCR)技术为DNA全序列测定带来了方便。;序列测定(sequencing)已有50多年的历史，进展缓慢。最初，人们致力于建立蛋白质(proteins)和多肽(peptides)的分离技术，确定其氨基酸(amino acids)种类及含量。 1945以前，没有任何蛋白质序列定量测定的方法。以后十年，随着色谱技术和标记方法的出现， 1955年Ryle等完成了胰岛素的全序列测定。五年后Hirs等完成了第一个核糖核酸酶序列测定 。1965年，约有20个含100多个残基的蛋白质序列被确定。截止1980年，这一数字已达1500个。而今天，已测定的蛋白质序列已超过30万。;蛋白质序列测定方法;真核和原核细胞的结构;细胞核中的染色体;染色体＝DNA＋相关蛋白质;DNA的双螺旋结构;DNA的双螺旋结构的碱基互补:A/T C/G;DNA复制或克隆原理;基因组的定义;基因的定义;DNA、 RNA与蛋白质;DNA上的基因;PCR的作用;PCR的原理; PCR 原理示意图;;;;电泳测序原理;测序流程;Sanger的步骤:第一步：加入复制终止剂;第二步：荧光检测;Shotgun测序;DNA整体;Shotgun测序;拼接;Shotgun法序列拼接;拼接中的重复错误;测序后的工作;; 小结; 作业:回答问题