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DNA结构力学分析的保结构算法和图形后处理1
赵维加.张光辉
(青岛大学敦学系.青岛,266071)
擅要:超细长弹性杆动力掌在DNA的平衡、稳定性等问题的研究中有重要的应用.基于Kirchhoff
动力学比拟技巧建立的DNA结构模型是以弹性杆中心线弧长为拟时间变量的微分方程组.而其超细长特
点要求长时间数值模拟.本文探讨了利用辛算法对超长细杆模型长时间计算的问题.给出了相应的算法和
效值仿真结果,并与传统的算法进行了对比分析.文中还利用KLrchhoff弹性杆模型的比拟技巧.建立了
描述超长弹性杆曲面形成饷常微分/积分方程组。给出了曲面方程的数值解法.并给出了超长弹性杆的图
形后处理的计算实例和分析.
关甓词:DNA.Kitc岫off比拟.辛算法,曲面微分,积分方程,.图形后处理算法
methodand for
Symplectic post-processingalgorithmanalyzing
mechanicalstructureofDNA
Zlmo
We,lLZlmngc,umgIlui
(DepartmentofMathematiea,QingdaoUniversity,QingdaoP.R.Ch衄266071)
of is used DNAs
elasticslendermd in
Abstract:.Dynamicalmalysissuper-long widely studying
and DNAmcchaaicalstructuralbasedonKirchhofs
equilibriumstability.Thc models analogueteclmique玳
differential the ofthecarveline越thevariable.BecauseofDNAs
usually equationsusinglength quasi·time
slender.itsstructural rime oRenleadstOstmctta锄modification
super mmlysisrequires
long computation,which
dtm∞accumulationoftnrms.Inthis methodisintroducedto simulatethe
paper,Symplcctic numerically
strucnn划fc址urcsofDNA,whichshowssmlcnnal
good preserving differential/integraleqmuion
property.A
isalso todcscrjbethesurf趾,eofthe isusedinthe numcrica/results.
system given rods.which postp懒ofthe
Keywords:DNA,Kirchhotrsmnho正differential/integralequatiomimagcpost
analogy,Symplccfic
process.
~
一、引舌
弹性细杆模型有着广泛的实际背景.如电缆、绳索和纤维等都可以模型化为弹性细杆
讨论并已有大量的研究成果111.另外,自20世纪中期Watson和Crick提出了DNA分子的
双螺旋三维结构模型以来.关于DNA的基础理论研究不断突破
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