DNA结构力学分析的保结构算法和图形后处理研究.pdf

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DNA结构力学分析的保结构算法和图形后处理1 赵维加.张光辉 (青岛大学敦学系.青岛,266071) 擅要:超细长弹性杆动力掌在DNA的平衡、稳定性等问题的研究中有重要的应用.基于Kirchhoff 动力学比拟技巧建立的DNA结构模型是以弹性杆中心线弧长为拟时间变量的微分方程组.而其超细长特 点要求长时间数值模拟.本文探讨了利用辛算法对超长细杆模型长时间计算的问题.给出了相应的算法和 效值仿真结果,并与传统的算法进行了对比分析.文中还利用KLrchhoff弹性杆模型的比拟技巧.建立了 描述超长弹性杆曲面形成饷常微分/积分方程组。给出了曲面方程的数值解法.并给出了超长弹性杆的图 形后处理的计算实例和分析. 关甓词:DNA.Kitc岫off比拟.辛算法,曲面微分,积分方程,.图形后处理算法 methodand for Symplectic post-processingalgorithmanalyzing mechanicalstructureofDNA Zlmo We,lLZlmngc,umgIlui (DepartmentofMathematiea,QingdaoUniversity,QingdaoP.R.Ch衄266071) of is used DNAs elasticslendermd in Abstract:.Dynamicalmalysissuper-long widely studying and DNAmcchaaicalstructuralbasedonKirchhofs equilibriumstability.Thc models analogueteclmique玳 differential the ofthecarveline越thevariable.BecauseofDNAs usually equationsusinglength quasi·time slender.itsstructural rime oRenleadstOstmctta锄modification super mmlysisrequires long computation,which dtm∞accumulationoftnrms.Inthis methodisintroducedto simulatethe paper,Symplcctic numerically strucnn划fc址urcsofDNA,whichshowssmlcnnal good preserving differential/integraleqmuion property.A isalso todcscrjbethesurf趾,eofthe isusedinthe numcrica/results. system given rods.which postp懒ofthe Keywords:DNA,Kirchhotrsmnho正differential/integralequatiomimagcpost analogy,Symplccfic process. ~ 一、引舌 弹性细杆模型有着广泛的实际背景.如电缆、绳索和纤维等都可以模型化为弹性细杆 讨论并已有大量的研究成果111.另外,自20世纪中期Watson和Crick提出了DNA分子的 双螺旋三维结构模型以来.关于DNA的基础理论研究不断突破

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