改进的牵引移动的蚁群算法在2DHP模型中的应用-计算机应用与软件.PDFVIP

第３２卷第３期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３２Ｎｏ．３ ２０１５年３月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｍａｒ．２０１５ 改进的牵引移动的蚁群算法在２ＤＨＰ模型中的应用 高　翔　杨　惠　张成文 （兰州文理学院电子信息工程学院　甘肃兰州７３００００） 摘　要　　蛋白质折叠问题就是从氨基酸序列中预测蛋白质的构象，该问题是生物信息学的一个突出问题。主要研究二维ＨＰ格 点模型，它是用于模拟蛋白质折叠问题的一个具有代表性的简化模型，并且将蚁群算法用于求解该二维ＨＰ蛋白质的折叠问题。此 外，在局部搜索机制中引入一种改进的牵引移动方法，这是一个提高蛋白质构象的有效方法。实验结果表明，针对较长的氨基酸序 列，改进的带牵引移动的蚁群算法（ＡＣＯ＋）比ＡＣＯ能够获得更低能量的构象，证明了所提出的改进蚁群算法是预测蛋白质结构的 有效方法。 关键词　　蛋白质折叠　ＨＰ模型　牵引移动　蚁群优化 中图分类号　ＴＰ２４２．２８　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１５．０３．０６５ ＡＰＰＬＹＩＮＧＩＭＰＲＯＶＥＤＰＵＬＬＭＯＶＥＳＡＣＯＩＮ２ＤＨＰＭＯＤＥＬ ＧａｏＸｉａｎｇ　ＹａｎｇＨｕｉ　ＺｈａｎｇＣｈｅｎｇｗｅｎ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓａｎｄＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＬａｎｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＡｒｔｓａｎｄＳｃｉｅｎｃｅ，Ｌａｎｚｈｏｕ７３００００，Ｇａｎｓｕ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇｐｒｏｂｌｅｍｉｓｔｏｐｒｅｄｉｃｔａｐｒｏｔｅｉｎ’ｓｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｆｒｏｍｉｔｓａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｉｔｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍｏｓｔｐｒｏｍｉｎｅｎｔ ｐｒｏｂｌｅｍｓｉｎｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．Ｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒｗｅｍａｉｎｌｙｓｔｕｄｙｔｗｏｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ（２Ｄ）ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｐｏｌａｒ（ＨＰ）ｌａｔｔｉｃｅｍｏｄｅｌ，ｗｈｉｃｈｉｓａ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｓｉｍｐｌｉｆｉｅｄｍｏｄｅｌｗｉｄｅｌｙｕｓｅｄｆｏｒｓｉｍｕｌａｔｉｎｇｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇｐｒｏｂｌｅｍ，ａｎｄａｐｐｌｙｔｈｅａｎｔｃｏｌｏｎｙｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎ（ＡＣＯ）ｔｏ ｓｏｌｖｉｎｇｔｈｅ２ＤＨＰｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇｐｒｏｂｌｅｍ．Ｂｅｓｉｄｅｓ，ｗｅｉｎｔｒｏｄｕｃｅａｎｉｍｐｒｏｖｅｄｐｕｌｌｍｏｖｅｓｍｅｔｈｏｄｔｏｌｏｃａｌｓｅａｒｃｈｍｅｃｈａｎｉｓｍ，ｔｏｉｍｐｒｏｖｅ ｐｒｏｔｅｉｎ’ｓｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｔｉｓａｎｅｆｆｅｃｔｉｖｅｍｅｔｈｏｄ．ＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔｔｈｅｉｍｐｒｏｖｅｄＡＣＯｗｉｔｈｐｕｌｌｍｏｖｅｓ（ＡＣＯ＋）ｃａｎｏｂｔａｉｎ ｌｏｗｅｒｅｎｅｒｇｙｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓｔｈａｎＡＣＯｆｏｒｓｅｖｅｒａｌｌｏｎｇｅｒａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｔｈｉｓｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓｔｈａｔｏｕｒＡＣＯ＋ａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｓａｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｍｅｔｈｏｄｔｏｐｒｅｄｉｃｔｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｐｒｏｔｅｉｎ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　Ｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇ　ＨＰｍｏｄｅｌ　Ｐｕｌｌｍｏｖｅｓ　Ａｎｔｃｏｌｏｎｙｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎ ０　引　言 １　ＨＰ模型 蛋白质折叠问题是生物信息学中最突出的问题之一。蛋白 ＨＰ模型是最重要和最简单的代表性格点模型。该模型的 质的生物学功能和属性主要取决于它们的结构。从化学上来 理论基于疏水性是小的球蛋白形成天然构象的主要驱动力。在 看，蛋白质是每个元素只有２０个不同氨基酸的链。每个氨基酸 ＨＰ模型中，蛋白质的氨基酸序列的