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Cognitive Modeling, R, and Reproducible Research 進度報告 研究目的 在心理學認知模擬的領域中，一般研究者要複製他人的研究最常遇到的問 題就是文獻中認知模型的實做及電腦模擬的程序，但由於這些難點是屬於技術層 次而不在理論層次上，所以一般心理學文獻不會包含這一個部份。本研究目的是 在心理學認知模擬的領域中，使用R 軟體來開發可再生複製的研究（Reproducible Research）模式的工具。本計畫實做的認知模型將包含學習、記憶、分類、因果 推論等領域。這些認知模型被實做在開放原始碼、一般用途的計算平台上，使用 的工具軟體包含R、LaTeX，可建構在Windows 或UNIX/Linux 作業系統中。 文獻探討 認知科學的焦點是希望藉由以完成複雜作業的方式來了解大腦的運作，這 些作業包含知覺、學習、記憶、思考、決策、問題解決等。認知模擬（Cognitive Modeling）的目的則是想要說明一個或多個的認知處理歷程（cognitive processes），或說明這些認知處理歷程的交互作用。在目前，認知處理程序能夠 呈現在計算環境中的像是ACT-R（1993）或Cogent（1998），這些程式要不是本 身是有專利的就是被建構在專利的作業平台上，像是建構在Matlab 或 Mathematica（Gronlund, Sheu Ratcliff, 1990; Duncan Tweney, 1997），有些是 使用程式語言，像是C++（Masters, 1993）撰寫，所以電腦科技的進步對於認知 心理學實徵及理論研究扮演了重要的角色（Ratciff, 1994）。本計畫目前是利用成 熟的開放軟體（open software）將認知模型實做在非專利的計算環境中。 預計要實做的認知模型在學習領域的有The configural model of Pearce （Macho, 2002）、A model of the go/no-go discrimination task（Yechiam, et al., 2006; Helmers et al., 1995）、A signal detction analysis of contingency judgment（Allen, Sigel Tangen, 2005），在記憶領域的有MINERVA 2（Sheu, 1993）、 MINERVA-DM（Dougherty, Getty Ogden, 1999）、REM（Shiffrin Steyvers, 1997; Shiffrin, 2003），在分類領域有ALCOVE（Kruschke, 1992）、ATRIUM（Erickson Kruschke, 1998, 2002）、SUSTAIN（Love, Medin, Gureckis, 2004），在因果推 論領域的有Causal inferences as perceptual judgments（Anderson Sheu, 1995）、 Optimal prediction of everyday cognition（Griffths Tenenbaum, 2006）等。 研究方法 這計畫一開始的靈感是來自我們努力去瞭解使用Macho（2002）論文中以 Excel 軟體實做的認知模型時所招遇的困難，在考慮到軟體專利問題、對數學及 統計計算的功能、參考文獻的資源、程式學習及撰寫的方便性，我們選擇使用開 放原始碼的R 軟體。 R 軟體是用來進行數學運算及繪圖的一種程式語言、執行環境，它是開放 原始碼的自由軟體，允許使用者自行開發附屬功能(package)並上傳公告，用以擴 充功能。官方網站網址/。本計畫的目標之一就是開發一 個能自由散佈的認知模型的R package。 可再生複製研究（Reproducible Research）的緣起是因為應用計算機科學所 產生的最後知識通常不是文字文件，而是用來產生論文結果的軟體環境。本計畫 研究方法的最後一個部份就是組合一套軟體工具用來再生複製認知模擬及電腦 實驗，所以需要可計算式文件（literate programming）及開放原始碼的程式設計 工具。可計算式文件（literate programming）是