肾上腺素受体基因单倍型的确定及分布估计.docVIP

肾上腺素受体基因单倍型的确定及分布估计 摘要：对哮喘病进行case-conctrol study的第一步就是要确定个体的单倍型。Reihsaus假设异常的?2AR基因与哮喘的生理研究密切有关。?2AR基因在染色体5q31－32上。?2AR基因的编码区中没有内含子。人类的?2AR基因上有多个单核苷酸多态性位点（single-nucleotide polymorphisms ,SNPs）,单个的SNP信息没有任何预兆性的价值，而一条染色体上的多个SNP位点经组合后得到的单倍型（haplotype）信息却不清楚。利用SNP信息确定个体单倍型一般有三种算法：Clark算法，EM算法和Phase算法。经分析13个SNP位点的213种（＝8192）理论组合，我确定了12种单倍型，并估计了其分布情况。 关键词：肾上腺素受体. 单倍型. SNP.算法 Haplotype reconstruction and its distribution of ?2-adrenergic receptor gene Abstract: The first step for proceeding the research on asthma disease “case-control study” is to identify the haolotype. Abnormality of the ?2-adrenergic receptor gene (?2AR) has been hypothesized to be involved in the physiology of asthma (Reihsaus et al.1993). The receptor is encolded by an gene on chromosome 5q31-32. The gene encoding ?2- adrenergic receptor (?2AR) is devoid of introns within its coding region The human ?2-adrenergic receptor gene has multiple single-nucleotide polymorphisms (SNPs),but single SNP informations hasn`t any predictive value,and the relevance of chromosomally phased SNPs (haplotypes) is not known.. Three popular algorithms, Clark`s parsimony algorithm, EM algorithm and Phase algorithm, are used to obtain haplotype from SNP information. Thirteen SNPs were found organized into 12 haplotypes out of the theoretically possible 8192 combinations. Key word: ?2- adrenergic receptor, haplotype, SNP, algoritm. 一.前言： 单倍型（haplotype）是指一条染色体上单核苷酸多态（SNP）位点排列出的序列。在DNA序列上，不同个体在大多数位点是相同的，但在这些SNP位点可能表现出差异，这样的差异在人类基因组中平均每250-350bp出现一次。可以认为一个单倍型就是一条链上包含几个相邻的SNP位点的DNA序列。N个SNP位点 ，理论上就会有2n种可能单倍型。然而，SNP 在不同染色体上的分布并不是独立的，相邻位点之间存在一定程度的连锁关系，这样就会出现单倍型频率的差异。确定了个体的单倍型，就可以分析不同个体的遗传差异，再通过将个体的单倍型和该个体出现某种疾病的概率关联，就可以更好的理解这些复杂疾病的遗传背景。 目前利用单倍型寻找疾病基因的方法已经成功地用于Cystic fibrosis, Huntington舞蹈症, Crohn disease等疾病（Lazzeroni 2001）。普通的基因检测方法只能给出各位点的基因型，而不能提供个体的单倍型信息。我们可以通过对群体中的随即抽样进行全面的基因检测，确定其两条染色体的序列，这样我们就可以获得每个个体的单倍型，再通过统计分析便可估计群体的单倍型，但是这种方法的检测费用很高，而且该技术目前尚未普及。目前最流行的方法是用统计学方法代替实验室检测，利用统计学原理，对抽样的基因型信息进行分析，以确定个体单倍型及估计群体的单倍型频率。