分子模拟在乙硫醇-水溶液中的应用.doc

分子模拟在乙硫醇－水溶液中的应用 摘要：分子模拟是以计算机为工具，在原子水平上建立分子模型，用来模拟分子的结构和行为，以及模拟分子体系各种物理化学性质等。本文阐述了分子模拟的方法，介绍了主要的模拟和计算软件，及其在各方面的研究。随后将利用基本的分子模拟和计算软件简单模拟了一个乙硫醇分子在水溶液中的分子动力学状况。 关键字：分子模拟 Guassian HyperChem CPMD 乙硫醇 水 正文 一、分子模拟及其分类[1～2] 分子模拟是以计算机为工具，在原子水平上建立分子模型，用来模拟分子的结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理化学性质[]。具体说来，就是指先利用计算机软件，建立分子模型及分子件作用力方程，然后用统计力学关系对分子进行计算，获得分子及其聚集状态的微观结构信息和宏观物性信息。分子模拟主要包括以下几种方法： 量子化学方法——通过对分子中电子运动的计算，获得分子的结构及其性质等方面的性质。 量子化学认为微观粒子的运动方程是Schr?dinger方程，如果不借助任何经验参数求解Schr?dinger方程的方法成为从头计算方法，不过对于大分子或其它多原子体系，从头算需要大量的时间，因此还可以采用半经验计算方法。量子化学可以通过计算阐明分子的构象及分子间相互作用。例如，通过对分子体系的能量计算，得出分子的几何形状、构象等性质；另外还可以进行分子结构的优化计算，因为一般来说，稳定的分子构型是所有可能的结构中能量最小或局域最小的。 分子力学方法——通过用牛顿力学方法寻找分子平衡构型和能量。 分子力场包括价键和非键相互作用，常用的力场方法是MM2、MM3、Amber、CVFF等，分子力学的计算不考虑电子运动状态，其关键是准确表达分子力场，好的分子力场得到的结果也较好，因此与其它方法相比，分子力学的计算具有简单、运算速度快，处理分子构象等优点，不过目前分子力场仍然不能较好的处理金属和过渡金属体系。 分子动力学方法——通过在一定系综和已知分子位能函数条件下计算分子间作用力，求解牛顿运动方城，得到体系中各分子微观状态随时间的变化，再将离子位置和动量组成的微观状态时间平均，以求出分子的微观结构和性质，此法也称时间系综法。 Monte Carlo方法——通过在计算机上对随机现象进行模拟，从而得到制定条件下流体的径向分布函数以及内能合压缩因子等热力学性质。一般用于分子聚集体或宏观物系的结构与物理化学性质的求解，而且这需要对相应物理量系综求解其平均值，由于系统的状态数过于庞大，因此利用计算机随即抽取一小部分状态进行模拟得到近似系综值。故此法亦称统计系综法。 总的来说，量子化学方法着重研究单个分子的内部状态，分子力学研究的是分子系统静态性质，而对分子集合体或宏观物系则采用分子动力学方法或Monte Carlo方法进行计算。 二、常用的分子模拟软件 由于分子模拟的计算量很大，因此国外很多公司开发了一系列的计算和模拟软件，以减轻科研人员的工作量和提高效率。 表一 常用的分子计算与模拟应用软件[1] 软件名称 公司 作用 HyperChem Hypercube 量子化学计算、分子力学、分子动力学、随机动力学、蒙特卡罗模拟，支持三维图形显示 ChemOffice CambridgeSoft 包括ChemDraw、Chem3D、ChemInfo，可用化学结构式进行化学反应信息数据库查询，能预测13C、1H的NMR图谱和计算分子物性功能 Gaussian Gaussian 包括量子化学从头算、密度泛函和半经验方法等计算 Alchemy 2000[3] Tripos 可以在微机上使用，可显示包括蛋白质和高分子在内的分子结构，并将二维分子结构转化成三维结构；计算分子能量和立体化学性质，计算分子物理化学性质并用图形方式显示结果 SYBYL Tripos 用于蛋白质和核算分子的能量优化，也能将二维分子结构转化成三维结构、具有分子构象搜索和结构－性质分析 Cerius MSI 有强大的分子、晶体、表面与界面、非晶材料设计功能 Biosym Biosym 与SYBYL相似，具有分子构筑、分子结构优化、构象搜索、分子间相互作用研究、结构－性质分析等功能 Chem－X CDL 具有结构解析、分子性质计算、分子间相互作用、结构－活性关系等功能 三、分子模拟应用 分子设计[1]是分子模拟的一个重要应用，在分子设计过程中，主要采用了一下理论方法与技术，1）分子图形学方法与技术，2）构象搜索分析与匹配技术，3）量子化学计算方法，4）分子力学与动力学方法，5）Monte Carlo模拟方法，6）结构－活性与结构－性质关系分析方法，7）模式识别方法，8）因子分析方法等。 分子设计在药物分子、蛋白质分子、分子自组装、超分子、高分子、材料和催化剂等