升级版第三代基因测序系统PacBioRS分析.doc

升级版第三代基因测序系统PacBioRS分析 Pacific Biosciences公司自今年4月底正式推出全球首个第三代测序平台PacBioRS单分子实时测序系统后，一直致力于进一步优化其试剂的性能并努力开拓更多的应用，据最新消息，其新版本的C2试剂将在今年年底或明年年初正式发布，C2试剂可使该系统的平均读长从现在的1300bp提升至2700bp！基因有限公司作为Pacific Biosciences产品在中国大陆和香港地区的唯一授权经销商，将一如既往的秉承“Let Professionals Serve Professionals”的宗旨，为用户提供更好、更便利、更专业的服务。 由Pacific Biosciences公司开发研制的革命性的单分子实时测序（SMRTTM，Single Molecule, Real Time）技术在测序历史上首次实现了人类观测单个DNA聚合酶聚合过程的梦想。该技术通过光学方法直接记录单个聚合酶在不受干扰的情况下的连续合成，其读长之长，测序速度之快，灵活性之强大，已经使许多极富挑战性的基因组学研究成为可能。该系统可应用于基础研究、临床诊断、传染病研究、卫生防疫等多个领域。 目前，Pacific Biosciences公司已携手基因有限公司，致力于开拓中国市场。基因有限公司凭借其遍及各大中城市的服务网络以及包括销售、市场和技术支持、售后服务等多个部门的完整的服务体系，将一如既往的为广大用户提供包括技术咨询、产品选配、售后培训及维护的专业服务。 PacBioRS系统介绍： PACBIO RS系统采用了SMRT测序技术，系统包含主机和用于数据存储和运算的Blade center。主机内置的机械臂能够自动将SMRT Cell在存储区、准备区以及测序区之间进行转移，实现自动化的单个或批量测序实验。系统的RS Touch触摸屏实时显示系统反馈信息，如系统的运行状态，每个 SMRT Cell 的制备过程，测序过程，碱基判定结果以及对应Q值等，并实时播放测序过程中记录的影片信息。系统的RS Remote远程监控软件，允许客户远程设计和监控测序过程并进行初级数据分析。PACBIO RS系统的测序分析软件包括SMRT Pipe、SMRT Portal和SMRT View三部分计算模块，可与用户的生物信息学平台实现无缝整合，轻松实现测序数据浏览、数据过滤和比对、诸如单核苷酸多态性（SNP）等稀有突变的可视化筛查等数据分析操作。系统还自带条形码阅读器，能够提供样品和试剂的信息，便于用户进行实验设计和数据管理。 SMRTTM技术原理 3个核心创新技术的完美结合。 1. The SMRT Cell 测序在专利的SMRT cell中进行，每个SMRT cell含有150,000个ZMW（Zero-mode waveguide，零模波导孔）。 ZMW是直径为几十纳米的小孔，被固定在玻璃基片表面的金属薄膜上。由于ZMW的尺寸原因，可见光进入ZMW后会迅速衰减，这样当用激光透过玻璃照射ZMW时，只有底部30nm左右的区域能被照亮。 DNA聚合酶同模板结合后，可通过专利技术锚定在ZMW的底部玻璃表面，不同种类的核苷酸用不同颜色的荧光团标记，随后核苷酸涌入ZMW中，并在阵列表面扩散。当聚合酶检测到正确的核苷酸时，便将其掺入新生链中，这个过程需要几毫秒，而单纯的扩散只需要几微秒。这种时间差使掺入的核苷酸产生了很高的信号强度，因此，通过ZMW，可以在荧光标记核苷酸的背景下检测单个掺入事件。 2. Phospholinked nucleotides 将荧光染料标记在核苷酸的磷酸链而不是碱基上，这样，一旦核苷酸掺入到新生的DNA链中，标记基团就会自动脱落。 3. PacBioRS 能够实时监测并分析单分子测序反应。配备大孔径物镜和单光子照相机来收集荧光所发射的光脉冲，观察整个过程；通过经过优化的算法，将光学系统所捕获的荧光信号翻译成碱基序列信息。一旦测序开始，实时的数据就传送到系统的初级分析中心，在识别碱基“身份”的同时给出对应的Q值。 PacBioRS的应用进展： 1）PacBioRS用于快速鉴定引起海地霍乱爆发的菌株来源 2010年10月，霍乱席卷了海地的10个省，还传播到邻国多米尼加。据海地卫生部报告，93000人未能幸免，超过2100人在这场瘟疫中死亡。美国波士顿的研究人员采用PacBioRS对从海地暴发的霍乱中分离出的2株霍乱弧菌、1株来自1991年拉丁美洲发生霍乱的菌株和2002-2008年从南亚分离的2株菌种的基因组进行了测序研究。利用早期的序列数据库，研究人员对比了这5株菌和其他23株霍乱弧菌的基因组，从而对发生于海地的霍乱疫情可能的渊源做出了评定。 结果发现：海地霍乱菌株与2002年和2008年在孟加拉国分离得到的变异霍乱弧