多元统计分析第8章相应分析.pptVIP

下载本文档

11
0
约5.01千字
约 34页
2018-02-22 发布于北京
举报
版权申诉

多元统计分析第8章相应分析.ppt

1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次，网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档

多元统计分析第8章相应分析.ppt

利用R进行相应分析—step by step #参见高慧璇《应用多元统计分析》P330 # Construct matrices V, Vhat, F, and Fhat for the ordination biplots V = diag(p.j^(-0.5)) %*% U Vhat = diag(pi.^(-0.5)) %*% Uhat F = V %*% diag(eigenvalues^(0.5)) Fhat = Vhat %*% diag(eigenvalues^(0.5)) # Find the limits of the plots V.range = apply(V[,1:2],2,range) Vhat.range = apply(Vhat[,1:2],2,range) F.range = apply(F[,1:2],2,range) Fhat.range = apply(Fhat[,1:2],2,range) 利用R进行相应分析—step by step par(mfrow=c(1,2)) # Create a drawing window for two graphs # Biplot, scaling type = 1: plot F for rows, V for columns # The sites are at the centroids (barycentres) of the columns # This projection preserves the chi-square distance among the rows xmin = min(V.range[1,1], F.range[1,1]) - 0.5 xmax = max(V.range[2,1], F.range[2,1]) + 0.5 ymin = min(V.range[1,2], F.range[1,2]) - 0.5 ymax = max(V.range[2,2], F.range[2,2]) + 0.5 plot(F[,1:2], asp=1, pch=20, cex=2, xlim=c(xmin,xmax), ylim=c(ymin,ymax), xlab=CA axis 1, ylab=CA axis 2) text(F[,1:2], labels=site.names, pos=4, offset=0.5) points(V[,1:2], pch=22, cex=2) text(V[,1:2], labels=sp.names, pos=4, offset=0.5) title(main = c(CA biplot,scaling type 1), family=serif) 利用R进行相应分析—step by step # Biplot, scaling type = 2: plot Vhat for rows, Fhat for columns # The species are at the centroids (barycentres) of the rows # This projection preserves the chi-square distance among the columns xmin = min(Vhat.range[1,1], Fhat.range[1,1]) - 0.5 xmax = max(Vhat.range[2,1], Fhat.range[2,1]) + 0.5 ymin = min(Vhat.range[1,2], Fhat.range[1,2]) - 0.5 ymax = max(Vhat.range[2,2], Fhat.range[2,2]) + 0.5 plot(Vhat[,1:2], asp=1, pch=20, cex=2, xlim=c(xmin,xmax), ylim=c(ymin,ymax), xlab=CA axis 1, ylab=CA axis 2) text(Vhat[,1:2], labels=site.names, pos=4, offset=0.5) points(Fhat[,1:2], pch=22, cex=2) text(Fhat[,1:2], labels=sp.names, pos=4, offset=0.5) title(main = c(CA biplot,scaling type 2), family=serif) 利用R进行相应分析—corresp() X.frame=read.table(file=datasets/ca.txt,head=T); X.frame X-as.matrix